油菜C2H2锌指蛋白的挖掘与鉴定(2)
参考文献 10
致 谢 11
油菜C2H2锌指蛋白的挖掘与鉴定
引言
拟南芥是一种十字花科植物，广泛用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究，已成为一种典型的模式植物。虽然这种植物在许多方面"简单"，但它的大多数基因与其他"复杂"的植物基因具有很高的同源性，另外，由于这种植物的全部基因组测序已经完成，因此，其作为模式植物，在研究基因功能中具有重要作用。
锌指蛋白(zinc finger protein)是一类具有“指状”结构域的转录区，它负责控制基因的表达[1]。锌指蛋白的共有的特征是通过结合zn2+ 来稳定一种很短的并可以自我折叠成“手指”多肽的构型。锌指蛋白最初是在非洲爪蟾的卵母细胞中发现的[2]，在人类的基因组中有将近1％的序列编码含有锌指结构的蛋白质[3]。锌指蛋白是一种普遍性的转录因子结构，用于识别特定碱基序列．但大多数锌指蛋白的功能还不是很清楚。
依据半胱氨酸(C)和组氨酸(H)残基的数目和位置我们将锌指蛋白分为C2H2、C2HC、C2C2、C2HCC2C2C2C2C2C2等亚类，其中大部分的锌指蛋白属于C2H2型。 C2H2型锌指结构是真核生物的转录因子中研究最清楚的一类。其锌指区域一般为CX2，CX3FX，LX35H．其中两Cys和两His与锌粒子形成配位键，再形成一个包含发夹与一个Π螺旋的紧密指状结构[4]。一般不同的植物锌指蛋白中所含有的锌指结构数目从1个到4个不等[5]。与其他真核生物相，植物C2H2型锌指蛋白的结构有两个明显的特征：其一是植物锌指蛋白相邻锌指结构的间隔比较长，其二是植物C2H2型锌指蛋白的“α螺旋区大多都有QALGGH高度保守序列，这是植物锌指蛋白所特有的[6-7]。
现在的研究发现C2H2的锌指蛋白与植物抗逆性，发育和繁殖等有关[8]。目前对油菜的C2H2锌指蛋白的研究较少。本研究主要通过对油菜C2H2型锌指蛋白进行挖掘和鉴定，以其获得可以用来改良油菜抗逆性的功能基因，从而为培育优良油菜品种提供理论依据。
1 材料和方法
1.1 材料来源
在NCBI的Protein数据库中查询拟南芥C2H2锌指蛋白，并下载其中一条序列（AT3G23140），序列如下:
>gi|332643201|gb|AEE76722.1| zinc finger (C2H2 type) family protein[Arabidopsisthaliana]MNHRDKQIDSGSGSGENRRTYDCDICKRGFTNPQALGGHNNIHRRERERYPSSSSSSHSFPFSLPLPSQSPSSSTNFTNPPPYFPTIESYLHQGSQPPINPSHNTQYFGSSSSSRGGGRFAQGASHDLNLSLGLGSMNEDDDTHRSPPETGGSQPQDGDLDLDLRLGGHRHH