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摘要：嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acidophilus）属于乳杆菌属，革兰氏阳性杆菌，是食品工业中常用的发酵剂。目前在其基因组DNA提取时多采用试剂盒法提取，但其成本要远远高于酚氯仿抽提法，文章根据两种提取方法设计两组实验，通过对核酸产物进行DNA纯度测定、浓度评估，并对照后续建库结果，探究两种提取方法的优劣。结果显示：酚氯仿抽提法所提取的DNA与试剂盒法纯度及得率均有不同，而就得率来看：投入量相同时酚氯仿抽提法所提取的DNA总量明显高于试剂盒法；而就纯度来看试剂盒法所提取的DNA杂质明显少于酚氯仿抽提法。29074
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毕业论文关键词：嗜酸乳杆菌；酚氯仿抽提；试剂盒；纯度；得率
Comparison of Genomic DNA Extraction Methods of Lactobacillus acidophilus
Abstract: Lactobacillus acidophilus belongs to the genus Lactobacillus, Gram-positive bacilli, is the food industry commonly used in the fermentation agent. At present in the extraction of its genomic DNA usually using the kit assay extraction, but its cost is much higher than the phenol chloroform extraction method. The paper designs two experiments based on two methods of extraction. By measuring the DNA purity of the nucleic acid product and the concentration evaluation, and follow the results of follow-up database to explore the advantages and disadvantages of the two extraction methods. The results showed that the purity and yield of DNA extracted from phenol chloroform extraction method and kit assay were different, But in terms of yield, the total amount of DNA extracted by phenol chloroform extraction method was significantly higher than that of kit assay when the amount of input was the same. In the case of purity, the DNA impurities extracted by the kit assay are significantly less than that of phenol chloroform extraction method.
Key words: Lactobacillus acidophilus; phenol chloroform extraction; kit assay; purity; yield
目 录
摘要 3
关键词 3
Abstract 3
Key words 3
引言 4
1 材料与方法 5
1.1 实验材料与设备 5
1.1.1 实验材料 5
1.1.2 实验设备 5
1.2 实验方法 5
1.2.1 酚氯仿抽提法 5
1.2.2 试剂盒法（细菌基因组DNA提取试剂盒，天根DP302） 5
1.2.3 重复实验 6
1.3 提取DNA 样本的检测 6
1.3.1样本DNA 的纯度检测 6
1.3.2凝胶电泳检测 6
1.3.3文库构建（VAHTSTM Universal DNA Library Prep Kit for Illumina® 诺唯赞ND604） 6
2 结果与分析 7
2.1 One Drop 检测结果分析 7
2.2 凝胶电泳检测结果分析 8
2.3 建库结果检测 9
2.3.1 Qubit荧光定量检测 9
2.3.2 2100 DNA1000高敏片段检测 11
3 讨论 18
4 结论 18
5 展望 18
致谢 18
参考文献 19
嗜酸乳杆菌基因组DNA提取方法比较
引言
嗜酸乳杆菌是人体肠道内重要的益生菌之一[1]，当人体肠道内具有一定量的活菌时，可以起到文护肠道健康和保持菌群平衡的重要作用[2,3]。大量科学研究证明，嗜酸乳杆菌具有改善肠道菌群平衡，增强机体免疫力，降低血清胆固醇[4]，缓解乳糖不耐症等功能，随着嗜酸乳杆菌越来越多的功能被发现，其开始广泛用于食品生产，如嗜酸乳杆菌发酵干酪、嗜酸乳杆菌发酵乳、嗜酸乳杆菌与其他菌种混合发酵的乳制品、保健奶片等[5,6]，是目前乳酸菌家族中极为重视研究与开发的益生菌之一,被视为第三代酸乳发酵剂菌种。随着国内外众多学者对嗜酸乳杆菌的生物学特性、生理功能特性及应用等方面研究的不断深入,人们越来越认识到嗜酸乳杆菌的益生特性，对其生理功能及作用机制也进行了比较全面和深入的研究。而基因组DNA提取是对其生理功能和作用机制研究的基础，基因组DNA提取效率和质量对分子生物学相关研究起着关键的作用。嗜酸乳杆菌属于乳杆菌属，革兰氏阳性杆菌，革兰氏阳性细菌细胞壁是由一层厚且致密的肽聚糖和磷壁酸组成，而肽聚糖的肽链通过5个甘氨酸互相交联着，不易裂解，厚且致密的细胞壁对提取嗜酸乳杆菌基因组DNA造成了一定的困难[7]。作为分子生物学研究的基础，细菌样品中基因组DNA的浓度、纯度对后续PCR的效果会产生较大影响，更影响着Q-PCR的准确性[8]。张涛涛等[9]的研究也表明不同的DNA提取方法对基因组DNA的质量、得率以及后续PCR扩增效果影响显著，因此，选用适宜的DNA提取方法对研究至关重要。为保证后续实验顺利开展，不但要考虑DNA提取得率，还要尽可能地减少DNA的降解[10]，并保证不同批次DNA提取效率和质量的一致。本文用酚氯仿抽提法和试剂盒法（细菌基因组DNA提取试剂盒，天根DP302）两种不同的提取方法对嗜酸乳杆菌的基因组DNA进行提取，并利One Drop、琼脂糖凝胶成像检测其提取DNA的得率及纯度[11]，将提取的DNA进行文库构建，用Qubit荧光定量及2100 DNA1000高敏片段检测测定文库质量，探究不同提取方式对后续实验的影响，以期为嗜酸乳杆菌的分子生物学研究提供参考。