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最后，尤其值得一提的是出身制度下女性的悲惨命运。在书中黄圆的遭遇应该是那个时代许多女性的遭遇。在书中就有许多与她遭遇相类似的形象，尤菁菁就是个典型例子。虽说随着新中国的成立，女性地位在逐渐提高，然而在那样的年代，连男子都有可能无法保全自己更何况那些手无缚鸡之力的女子。黄圆在家里出事之前软弱单纯，长得漂亮是她的优点，可就是这个优点为她招来了数不清的祸患。在文攻武卫的时候，黄圆因为经常与叉子在一起而被红卫兵带走，在被关押期间她遭遇了一直觊觎她美貌的刘震亚的凌辱，毫不知情的她甚至一度为刘震亚所蒙蔽，爱上了他。这对于一个女生来说是一个彻底的悲剧，她在连对方是谁都不知道的情况下失去了贞操，也因为不知对方是谁而被刘震亚伤害，就算是后来知道了刘震亚是伤害她的罪犯却也拿他无可奈何，只因为出身在那里。黄圆只是这类女性中的一个，《沉默的钟楼》中还有好几个鲜活的例子，比如尤菁菁，比如索燕，她们不是没想过反抗，只是因为出身，她们就算被欺负也只能默默地承受。
就是因为某些人定的出身，所以大批有志之士无法实现自己的理想，许多年轻的生命白白断送，大量美好的女子被欺凌侮辱。出身，这两个字成为了“黑五类”及其子女被伤害的理由，也成为了“红五类”们逍遥的依据。
作者并没有直接抨击“出身”的不合理，也没有浓墨重彩地批判当时的制度是多么的扭曲,他只是用理性的笔触，用一个个真实却又血淋淋的事例来告诉读者在那个时代，法律不过是一纸空文。就是因为没有健全的法制，或是说，法治不能保护需要保护的人，那些“出身不好”的人才会步履维艰地生存。当罪恶无法被惩处，当法律变得可有可无，当正义只能用暴力来维护，整个社会就显得可笑又可悲。“武卫”变成了“武攻”，“文攻”也只不过是形式，所谓的“审讯”不过也就是一场毒打而已。当你因为发现刘大林兄弟的丑事而被他们冤枉被审讯时，一开始过场般的辱骂和呵斥不奏效，于是“终于，对方的神经和耐心像一根紧绷的弹簧突然打开那样失去控制，他们开始动手了，先是推搡耳光和拳头，这些你都忍受了，接下来他们拿出了预先准备好的棍棒。…你真是无法理解，同样是知青，无怨无恨，在你遭遇了明显是陷害，起码也是一场误会的情况下，他们怎么能为了自己所谓的进步，积极表现和阶级立场鲜明就对你狠下毒手呢？”[1](p190)那些被伤害的女子们，她们不是没有想过惩罚那些伤害她们的人，可是没有能力动摇的他们的根基，没有适当的途径可以让他们受到惩罚。只因为法制不能为这样一个女子提供援助，也不能在她们遭受伤害后追究罪犯刑事责任。黄圆就是这样的悲剧，她失去了自己最宝贵的东西，可是就算是知道了是何人所为也不能让他受到法律的制裁。