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而系列之《黑暗森林》 描写的是三体威胁开始一直到两个世纪之后三体妥协答应和平共处的故事。它所要揭露的最重要的事实便是罗辑挺身而出在叶文洁启发下领悟出解除三体危机，威慑三体文明，与三体人周旋的唯一筹码的黑暗森林法则，进而迎来短暂的和平。这一法则是由两条宇宙公理和两个弱限定条件组成的，是宇宙社会学的理论核心。两条公理分别是生存是文明的第一需要以及文明不断增长和扩张，但宇宙中的物质总量保持稳定；以及猜疑链——接近囚徒困境和技术爆炸——个落后文明可以在一夜之间进化为先进文明，从而对先进文明造成威胁的两个弱限定条件。大家都知道宇宙的广阔无边，恒星间的距离非常遥远，各个文明之间的交流便有了很大的阻碍。而无法便捷的沟通就会产生误解，假若己方暴漏自己的位置，在没有明确对方来意的前提下，为了保护自己，就会把对方想象成恶意的，就会不择手段，消灭一切潜在的隐患，但是如果知道明白对方的来意以及强弱程度，再加上技术的爆炸式发展，为了消灭亦有亦无的隐患，还是会出手毁灭或厮杀。以文明火种的生存延续和资源有限性为起点的黑暗森林理论，使得三体宇宙中的文明之间无法明确判断对方的来意而互相陷入猜疑怪圈，进而带来毁灭。若是现有的资源不能够满足文明生存的需要，互相毁灭则成了必然，虽然三体文明与地球文明的交流让彼此有了一定的互补，有了各种进步，但世界上不可能有两片相同的叶子，文明的渐同化使得各自的生存空间被压缩，于是毁灭开始。
㈡ 善恶之间的选择与博弈
在《三体》的描述中,“三体"文明为了文明的延续，需要掠夺更多的地盘，于是发动了对地球的侵略。而在当时面对文革的破坏，使得社会上出现了有一群想要改变现实的知识分子，于是，叶文洁这个命运多舛的的女性知识分子形象便被塑造了起来。
做为系列中第一个出场的主人公,叶文洁代表了遭受社会动荡的的知识分子群体，其身上表现出了冷漠与善良并存的气质。在“文革”造成的社会动荡中,她亲眼目睹了他的父亲——一位德高望重的物理学家活生生被红卫兵打死,而她的母亲面临着学术与背叛丈夫的双重精神折磨而变得精神失常,自己则受尽侮辱，弄得家破人亡，这一切的发生使得她感到自己的祖国以及整个人类世界对她都是深深的恶意与嘲讽，无比失望，她认为人们已经无法自己来改变现状，需要外来的力量强行介入改变，于是叶文洁按下了发射按钮，向三体文明说道：“到我们这里来吧，我将帮助你们获得这个世界，我们的文明已无力解决自己的问题，需要你们的力量来介入”，但这是一条自我毁灭的道路——背叛人类文明，于是她和志同道合的伊文斯建立并领导三体人的先遣部队——ET0(地球三体组织, 人类当中界化的反叛力量), 帮助三体人获得人类世界。在坚持她自已所谓的理想的同时, 又表现出弱女子该有的性格——关爱帮助儿重，且在三体危机来临前, 告知罗辑宇宙社会学的两个公理和两个概念.帮助人类获得与“三体”文明和谈的条件，开始与三体文明有了一定实力的周旋博弈。