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开管毛细管电色谱 OTCEC 使用固定相涂层毛细管，分正反相与离子交换等
亲和毛细管电泳 ACE 在CZE缓冲液中加入亲和作用试剂
2、填充管
毛细管凝胶电泳 CGE 管内填充凝胶介质，用CZE缓冲液
聚丙烯酰胺毛细管凝胶电泳 PA-CGE 管内填充聚丙烯酰胺凝胶
琼脂糖毛细管凝胶电泳 Agar-CGE 管内填充琼脂糖凝胶
填充毛细管电色谱 PCCEC 毛细管内填充色谱填料，分正反相与离子交换
阵列毛细管电泳 CAE 利用一根以上的毛细管进行并行CE操作
芯片式毛细管电泳 CCE 利用刻制在载玻片等上的毛细管通道进行电泳
联用
毛细管电泳/质谱 CE/MS 常用电喷雾接口，需挥发性缓冲液
毛细管电泳/核磁共振 CE/NMR 需采用停顿式扫描样品峰的测定方法
毛细管电泳/激光诱导荧光 CE/LIF 具单细胞、单分子分析潜力
毛细管电泳/拉曼光谱 CE/LRS 无接口联用，对缓冲液无特殊限制，但灵敏度低
1.2.3 毛细管电泳仪器系统
毛细管电泳仪器系统的基本结构主要包括进样、填灌/清洗、电流回路、毛细管/温度控制、检测/记录/数据处理系统