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20世纪90年代抗生素与抗菌药物研究获得了一定的进展，在国际性抗生素学术期刊上报道了1728种新天然抗生素，其中抗细菌、抗真菌、抗病毒，抗原虫与寄生虫等抗感染的抗生素共有699种。九十年代各国首次上市的抗细菌抗生素共25种，其中有头孢菌素14种，大环内酯3种，碳青霉烯和氨基糖苷各2种，青霉烯、β-内酰胺酶抑制剂复合剂、安莎类抗生素和新链阳菌素类抗生素各1种。新上市的合成抗菌素共10种，包括喹诺酮类化合物9种和二氢叶酸还原酶抑制剂1种，还有一批颇具特色的新抗菌药正在研究开发中。
当前各大类抗生素研究都取得很大进展，β-内酰胺类抗生素特别是头孢菌素在抗生素领域仍占主导地位，开发出4种第四代头孢菌素，发现了兼具免疫调剂作用的头孢菌素：碳青霉烯类在保持对肾脱氢肽酶稳定的基础上，其抗菌活性、安全性和药代动力学特征不断得以改善。大环内酯类抗生素已发展到第三代，当前研究的主要动向是继续采用化学与生物学等方法修饰结构，以改善其耐药性并研发其在抗菌以外的应用。第一个第三代大环内酯药物也已上市，目前还有12个高活性的化合物正处在临床前或临床研究阶段。氨基糖苷类抗生素经过结构修饰后已明显改善了耐药性，研究出了抗耐甲氧西林金葡菌(MRSA)的新氨基糖苷类药物如阿贝卡星等，不易受氨基糖苷钝化酶侵袭，对更多的氨基糖苷耐药菌有作用，特别对耐甲氧西林金葡菌有强大的抗菌能力；四环素类抗生素的耐药性问题也在探索中。
对MRSA、PRSP、VRE、这些耐药革兰氏阳性菌研究方面也已经取得了一定的进展。如新糖肽类抗生素和链阳霉菌素类抗生素等。今年来研发出对多重耐药金葡球菌、MRSA、VRE等有较强作用的其他新抗生素包括了酮内酯类、脂肽类、脂糖肽类、长链烯酸类、含噻唑的环肽等。
对多肽抗生素的研究今年来十分活跃，其高效广谱抗菌活性引起了各国学者的重视，迄今，已在昆虫、鸟类、动物及植物等生物中发现了700多种内源多肽抗生素。
对合成抗菌药物的研究也很活跃，今年来各国上市了十几种新喹诺酮类抗菌药。正在开发的新喹诺酮类药物既保留了抗革兰氏阴性菌的高活性，又明显增强了抗革兰氏阳性菌活性，并对厌氧菌、支原体、衣原体等也有一定作用。喹诺酮类耐药性的研究也有新进展。2-Pridone类化合物ABT-719是作用于不同靶位的新DNA旋转酶抑制剂，对耐环丙沙星的金葡球菌、表葡球菌、肠球菌和MRSA均有很强活性；新近发现的喹诺酮外排泵抑制剂MC-2071 10能使左氟沙星抗铜绿假单胞菌活性增效8倍。CJ-13136是假诺卡氏菌产生的新喹诺酮，对幽门螺杆菌有极强的选择性抗菌作用。
抗生素增强剂可以明显增强抗生素的抗菌效力。最近发现的β-内酰胺类增强MC-270252、MC-200616与β-内酰胺类联合使用可使β-内酰胺类抗生素对铜绿假单胞菌的最低抑菌浓度(MIC)下降到原来的1／500。
抗生素灭活酶抑制剂中β-内酰胺抑制剂药物已成功地应用于临床，获得良好疗效。近年来，其他如渗透性促进剂、外排泵抑制剂、生体防御机能调节剂、微生物感染途径阻断与病原件衰减剂的研究也颇受重视。引人注目的一个新进展是结构新颖的恶唑烷酮类抗生素为抑菌剂，通过选择性地与50S核糖体的23S亚单位结合，抑制起始复合物的形成，在翻译的早期阻断细菌蛋白的合成。其独特的作用特点使其与其他蛋白合成抑制剂间没有交叉耐药发生。该类抗生素中的利奈唑胺对MRSA等多重耐药革兰氏阳性菌的疗效优于万古霉素。