此外，人事档案制度的弊病随着市场经济建设的逐渐深入，也不断地暴露出来。人事档案制度限制了人才的合理流动。一方面，它把一些不愿在本单位工作的人强留在此，另一方面，它又将那些更适合的劳动者阻挡在了门外。不仅如此，我国的人事管理制度也阻碍了大学毕业生的自由流动，一些毕业生好不容易找到合适的单位，却在签订协议、办理报到手续、转接档案时，因人事档案制度受阻。另外，其中所涉及到的居民医疗保险、养老保险等社会福利保障，在无形中增加了人才流动的风险，阻碍了人才资源的合理流动。