2. 增值税和营业税并行
目前作为流转税的增值税和营业税并行，破坏了增值税的抵扣链条，影响了增值税作用的发挥。增值税具有，即在筹集政府收入的同时并不对经济主体施加“区别对待”，有利于引导和鼓励企业在公平竞争中做大做强的效应，但是要充分发挥增值税的这种效应，前提之一就是使增值税的税征收范围尽可能宽广，最好包含所有的商品和服务。在现行的税制中增值税征税范围较狭窄，导致经济运行中增值税的抵扣链条被打断，不利于物流企业的发展。此外增值税和营业税并行在税收征管中出现了两个概念：“混合销售行为”和“兼营行为”。然而在税收征管的实际工作中，由于一些其他复杂的因素，清晰准确的界定两种概念显得并不容易，带来了难题。

3.不同服务的税率各不相同
考虑到现代物流业的特点，即提供货物运输及装卸、仓储保管、流通加工、整理、配送等多种项目，这项项目所征收的营业税的类别也不相同，各环节的不统一。期中货运代理、装卸搬运、仓储服务等属于“服务业”的范围之内，税率为5%；铁路运输、航空运输、水路运输、公路运输等属于“交通运输业”的范围之内，税率为3%。由于现代物流是综合性的整体业务，一项业务通常是由各种不同的物流服务所组成，不同的服务税率不同，因此造成了不同税目的税率难以划分和明确。但是根据现行的税法规定，纳税人经营不同税率的多项业务时，未分别核算的应该从高适用税率，这无疑就增加了提供一体化服务的现代物流企业的税收负担，不能发挥其整体服务的优势和规模效益。

4.发票种类繁多
现如今，我国物流行业没有将发票进行统一分类，并且发票种类名目繁多，例如，公路运输行业、水路运输服务行业、水路运输行业、服务性行业、公路装卸搬运行业、租赁行业等都有各自的发票。根据2006年8月1日施行的《公路、内河运输业统一发票》的规定中没有规定所有物流行业都应当有统一的全国发票，而仅仅对公路和内河货物运输行业有要求，如此就出现了名目繁多的无统一格式和标准的行业发票。更为严重的是一些发票使用较多的大规模物流企业，经批准后可以自行设计本企业的发票，之后经税务机关审批印制。因此，就目前来说，发票不统一现象还是相当严重的，这种情况不利于物流业税收政策的一体化监管，同时也不利于物流企业的一体化发展。
总之，征收营业税对与现代物流业无论是税负、会计处理还是企业的发展都存在不利的因素，因此下文将对“营改增”前后现代物流企业税收征管状况进行对比，分析税改后的“利”与“弊”。
三、现代物流企业营业税改征增值税后税收征管状分析

（一） “营改增”对于现代物流企业的“有利”影响

1.采用增值税可避免重复征税
由于征收增值税之后，允许企业在销项税中抵扣进项税额，并且企业无需再按营业额征收营业税。所以，“营改增”之前企业外购所负担的增值税无缝抵扣和在外包过程中营业税重复征收的情况将不会再发生。有利于现代物流企业避免重复征税和促进外包业务的发展。
此外，中国物流与采购联合会发布的《调查报告》显示，其中涉及的51家营业税差额纳税试点企业的平均减少重复纳税额为372元，约增厚物流上市企业的盈利为11%。根据中金公司测算，税改和补贴政策若能落实，将使上市公司增厚利润最多为3%-8%；行业代表企业平均增厚15%；小型企业增厚幅度将达到30%-50%。主要原因是中小企业既得优惠少，利润率水平低等。 现代物流企业营业税改征增值税的研究+建议策略(6):http://www.youerw.com/kuaiji/lunwen_279.html