表3  物流企业税负增长情况
 
资料来源：中国物流与采购联合会

(2)货物运输业务的主要成本构成中固定成本和人工成本占比很高，如果这些成本不能产生进项税的话，其成本中可抵扣的项目比重过低。
1)水上运输行业
水上运输主要成本是由船舶折旧和租赁费、燃油成本、文修成本和人工成本构成，燃油成本和文修成本可以产生进项税，而折旧与人工成本按目前《试点办法》不能作为抵扣项，因此整体上水上运输行业的税负也将增加，除非折旧能够计入销项税。
2)高速公路和陆路运输行业
陆路运输行业。其主要的成本是由燃油成本、道路通行费、折旧以及人工成本构成，由于汽车燃油不像航空公司 那样可以集中采购，往往是司机根据用油情况在各个加油站加油，而道路通行费也是很多小额支出汇总，这些支出都很难获取增值税发票，况且很多成本支出来自于公路上的乱收费，再加上折旧和人工成本不能计入进项税的话，那么陆路运输企业的税负将大幅增加。
3)仓储运输行业
其成本也主要是折旧、人工成本和水电支出等，可抵扣的项目也明显偏少，因此对于那些非外包业务为主的仓储公司而言，此次税改同样也将增加其税收负担。

2.大量增值税发票所面临的管理问题

(1)抵扣不完整，造成赋税过高
由于物流企业之前一直实行征收营业税很长时间，对增值税管理不够成熟，在过渡期，一些税管不健全的企业可能会无法取得与理论相同的进项税抵扣，例如，没有及时增值税发票认证和进项税额申报，无法获得一些零散的增值税发票
例如，司机的加邮费，通行费等。

(2)客户与发票数量巨大，增加了发票管理的工作量和人工成本
物流企业往往客户数量庞大，业务量也大，考虑到增值税发票的法律性质，再加上按增值税发票按客户管理就会造成工作量大，如果不派专人管理，必定会对发票申报，认证造成影响。此外，增值税申报表与副表加起来需填300多个项目，要保证一点错误也不出，对企业会计、财务系统、IT都有很高的要求。即便仅仅比较开发票的时间，开一张增值税发票，用最普通的方法需要3分钟，如果一家企业一天需要开800张增值税发票，8小时的工作量是远远不够的，这不但增加了企业的人力资源成本，也会导致增加企业的间接成本。
(3)合并开票的问题
由于增值税发票有认证的环节，往往物流企业要求客户尽量合并开票，这样能够适当的减少认证时的工作量。但是如果发票出现问题需要作废，就造成了作废金额过高，如果作废重开不及时，又会造成进项税抵扣不及时，对企业带来了不必要的影响。
综上所述，“营改增”对于物流企业存在一定不利的影响，因此，需要企业做出相应的应对措施来降低或消除这些影响，使得此次“营改增”真正起到明显减轻企业税负的作用。
四、现代物流企业面对营业税改征增值税的应对策略及建议
（一） 根据“营改增”前后实际缴税情况，确定相应的处理办法
企业在营业税改征增值税之后，税负必定会出现变动，因此企业还需要根据自身情况对公司的经营和财务构成进行仔细分析, 制定一系列的相对应的措施合理降低税负。
1.确定无差别平衡点抵扣率，将其定为目标
无差别平衡点抵扣率：可抵扣成本对收入占比收益临界值。
无差别平衡点抵扣率的计算方法：
销售额×（销项税税率×1—进项税税率×抵扣率）=销售额×营业税税率 现代物流企业营业税改征增值税的研究+建议策略(9):http://www.youerw.com/kuaiji/lunwen_279.html