尼罗罗非鱼和蓝头濑鱼的性腺转录组差异表达分析
时间:2018-10-29 11:29 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
| 摘要：性别决定和分化涉及许多相互影响的复杂过程。鱼类有着非常复杂的性别决定系统，对于性别决定和分化的分子基础尚未得到很好的解释，对鱼类性腺中转录水平的基因表达谱的研究对于了解性别决定和表型性别的文持至关重要。通过RNA-Seq技术对蓝头濑鱼、尼罗罗非鱼性腺转录组进行分析，筛选出特异表达基因、共表达基因以及差异表达基因。最终共筛选出差异表达基因共11个，雄性差异表达基因中有注释信息的基因有fgf14，Btnl10，arf6，fignl1。雌性表达基因中有注释信息的基因有MAPK10，lsm12b，GTF2IRD2，arf6。本文的方法与结果能为鱼类不同物种间转录组的差异表达基因分析以及鱼类性别决定和分化机制的研究提供参考。29776 毕业论文关键词：性腺；差异表达基因；转录组 Differential expression analysis of gonad transcriptome in nilo tilapia and bluehead wrasse Abstract: Gender determination and differentiation involves many complex processes of interaction. Fish has a very complex gender determination system, and the molecular basis for gender determination and differentiation has not been well explained. Studies on the gene expression profiles of transcription levels in fish gonads are relevant for understanding gender determination and phenotypic gender maintenance important. RNA-Seq technique was used to analyze the expression of genes, co-expression genes and differentially expressed genes. A total of 11 genes were screened out. There were fgf14, Btnl10, arf6 and fignl1 genes in the differentially expressed genes. The genes that have the annotated information in the female expression gene are MAPK10, lsm12b, GTF2IRD2, arf6. The methods and results of this paper can provide a reference for the differential expression gene analysis of fish transgenic species and the study of fish sex determination and differentiation mechanism. Key words: gonads; differentially expressed genes; transcriptome 目 录 摘要1 关键词1 Abstract1 Key words1 引言1 1材料与方法2 1.1转录组数据获取2 1.2转录组比对 2 1.3表达量及表达模式分析 2 1.4差异表达分析 3 1.5差异表达基因功能注释3 2结果4 2.1转录组过滤及比对4 2.2两种鱼类转录组表达水平4 2.3两种鱼类性腺表达模式5 2.4差异表达基因功能注释结果6 3讨论9 3.1无参转录组比对9 3.2共表达基因 9 3.3差异表达基因 9 3.4总结 10 致谢10 参考文献11 尼罗罗非鱼和蓝头濑鱼的性腺转录组差异表达分析 引言 尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus），丽鱼科，是一种雌雄异体鱼类，其性别决定由XX-XY系统控制。尼罗罗非鱼作为一种世界范围内的主要经济鱼类[1]，雌性罗非鱼和雄性罗非鱼在生长期表现出明显的不同生长速度，雄性生长速度明显高于雌性[2]。在激素的诱导下，尼罗罗非鱼很容易产生性逆转，产生全雄和全雌种群[3]。通过对尼罗罗非鱼雌雄性腺转录组基因表达模式的分析，共表达基因、雌性性腺特异表达基因以及雄性性腺特异表达基因显示尼罗罗非鱼性腺中的表达差异，为进一步研究非模式鱼类的性别决定系统和分子机制提供参考[4]。 蓝头濑鱼（Thalassoma bifasciatum），隆头鱼科，是一种生活在加勒比海珊瑚礁中的海水鱼类[5,6]。蓝头濑鱼的自然社会种群中存在性别转换现象，包括功能性性别变化和行为性别变化[7,8]，这种性别变化特性使得蓝头濑鱼成为研究鱼类性别可塑性的重要模型[9]。通过对蓝头濑鱼性腺转录组进行分析，筛选出性别偏向基因，揭示出不同性别决定和分化机制的演变[9]。 性别决定和分化涉及许多相互影响的复杂过程。鱼类有着非常复杂的性别决定系统，鱼类主要的性别决定系统是XX-XY雄性杂种系统[10]。在硬骨鱼类研究中，许多重要的性别决定基因如雌性性腺分化的foxl4，雄性性腺分化的sox6[11,12]。同时，对于性别决定和分化的分子基础尚未得到很好的解释。因此，对鱼类性腺中转录水平的基因表达谱的研究对于了解性别决定和表型性别的文持至关重要。 (责任编辑：qin) |