尼罗罗非鱼和蓝头濑鱼的性腺转录组差异表达分析(5)
时间:2018-10-29 11:29 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
访问号 Accession no. 编号 ID 性别 Gender 过滤读长 Clean reads 总读长 Total reads 质量值百分比 ≥Q30% 映射读长 Mapped reads 映射效率Mapped ratio SRX1176332 GC male 19,144,607 38,289,214 94.88% 78,690 0.21% SRX1176334 GC1 male 22,189,389 44,378,778 95.01% 77,905 0.18% SRX1176335 GX female 15,748,982 31,497,964 95.11% 60,099 0.19% SRX1176337 GX1 female 18,458,982 36,917,964 95.25% 72,209 0.20% SRX159747 L180C male 25,742,867 51,485,734 89.73% 48,528,056 90.37% SRX160791 L180X female 25,129,239 50,258,478 90.25% 41,686,521 82.95% SRX170662 L30C female 26,570,168 53,140,336 89.81% 46,261,227 87.05% SRX170664 L30X male 26,289,733 52,579,466 90.27% 44,563,037 84.75% 其中GC、GC1、GX、GX1是蓝头濑鱼性腺转录组数据。L180C、L180X、L30C、L30X是尼罗罗非鱼性腺转录组数据。 GC, GC1, GX, GX1 were the blue head wrasses gonad transcriptase data. L180C, L180X, L30C, L30X are Nile tilapia gonad transcriptome data. 2.2两种鱼类转录组表达水平 在基因表达水平上，FPKM≥1的基因数目共有22754个，FPKM≥5的基因数目共有18838个，其中绝大多数来自尼罗罗非鱼性腺转录组（见表3）。 表3 性腺转录组基因数目及表达水平统计表 Table3 Summary of gene counts and FPKM values from gonads 转录组 Transcriptome 基因数目 gene counts FPKM≥1的基因数目 FPKM≥1 FPKM≥1的基因数目 FPKM≥5 BM 1,655 224 75 BF 1,804 247 71 NM 24,621 21,658 17,866 NF 25,027 21,009 15,656 总数 Total 25,166 22,754 18,838 其中，BM表示蓝头濑鱼雄性性腺转录组，即GC和GC1数据；BF表示蓝头濑鱼雌性性腺转录组，即GX和GX1数据；NM表示尼罗罗非鱼雄性性腺转录组，即L180C和来L30X数据；NF表示尼罗罗非鱼雌性性腺转录组，即L180X和L30C数据（下图同）。 (责任编辑：qin) |