萝卜S受体蛋白激酶同源建模、评价和通路分析(3)
时间:2017-06-17 16:10 来源:毕业论文 作者:毕业论文 点击:次
图2 S蛋白受体激酶保守结构域 Figure 2 Conserved domain of S receptor protein kinase 2.2 S受体蛋白激酶理化性质分析 对该蛋白质进行基本理化性质分析，表明该蛋白分子式C4294H6674N1172O1282S43，分子量为96607.8，理论等电点（PI）为6.69。含有20种基本氨基酸，其中含量最高的是Leu（10.8%），含量最低的是His（1.5%）；其中带负电荷的氨基酸残基（Asp、Glu）92个，带正电荷的氨基酸残基（Arg、Lys）90个。其水溶液在280nm处的消光系数（Extinction coefficients）为160420。该蛋白的不稳定系数（Instability index）为41.41，为不稳定蛋白，脂肪系数（Aliphatic index）是83.65，平均亲水系数（Grand average of hydropathicity）为-0.314。其氨基酸组成如表1。 表1 S受体激酶氨基酸组成 Table 1 Amino acid composition of S receptor protein kinase 氨基酸 比例 氨基酸 比例 氨基酸 比例 氨基酸 比例 Ala (A) 4.3% Gln (Q) 2.5% Leu (L) 10.8% Ser (S) 9.6% Arg (R) 5.9% Glu (E) 5.4% Lys (K) 4.7% Thr (T) 5.4% Asn (N) 7.3% Gly (G) 6.6% Met (M) 2.6% Trp (W) 2.3% Asp (D) 5.4% His (H) 1.5% Phe (F) 4.0% Tyr (Y) 3.9% Cys (C) 2.5% Ile (I) 5.6% Pro (P) 4.6% Val (V) 5.0% 2.3 S受体蛋白激酶磷酸化预测 蛋白磷酸化是一种最普遍的翻译后修饰，几乎调节着生命活动的整个过程，因此蛋白质的磷酸化分析对了解蛋白质可能的功能具有重要意义。利用NetPhos 2.0 Server 预测萝卜中S受体蛋白激酶磷酸化作用位点（图3），结果表明该蛋白具有40个丝氨酸磷酸化作用位点（Ser:40）、7个苏氨酸磷酸化作用位点(Thr:7)和12个酪氨酸磷酸化作用位点(Tyr:12)，以丝氨酸磷酸化为主，具有众多不同的磷酸化作用位点。 图3 SRP激酶磷酸化位点预测 Figure 3 Transmembrane structure prediction of S receptor protein kinase 2.4 S受体蛋白激酶亚细胞定位、跨膜区和信号肽分析 利用TMHMM软件对该蛋白序列进行跨膜预测，结果（如图4）表明，该蛋白存在2个可能的跨膜区。第一个跨膜区位于7-29位氨基酸，方向由内向外，第二个跨膜区位于446-465位氨基酸，方向由外向内，两段跨膜螺旋序列长度均超过了18，表明该蛋白最大可能为2次跨膜蛋白；另外在前60个氨基酸的跨膜螺旋中的氨基酸预期数量为21.88358，表明N端这段跨膜序列也可能是一个明显的信号肽序列，于是，我们利用SignalP 4.1 Server软件对其氨基酸前导肽进行信号肽预测，结果（图5A）表明，该蛋白N端序列不存在任何信号肽存在；然而我们进一步利用iPSORT Prediction软件对其N段进行信号侦测时，结果（图5B）表明，高蛋白N段（6-25位）存在一个信号肽；利用TargetP 1.1 软件亚细胞定位分析表明，该蛋白定位于叶绿体运输蛋白、线粒体靶标蛋白和分泌途径蛋白的概率分别为0.001、0.169、0.930，因此，推断该蛋白最可能为分泌蛋白。 (责任编辑：qin) |