1。5。2研究内容

（1）学习分子对接软件Discovery Studio的使用

（2）分子对接配体（烷基间苯二酚）和受体（α-葡萄糖苷酶分子）的准备

（3）烷基间苯二酚与α-葡萄糖苷酶的分子对接

（4）初步探讨烷基间苯二酚抑制α-葡萄糖苷酶的分子作用机制

第二章 材料和方法

2。1材料

（1） α-葡萄糖苷酶的三维结构

（2） 不同结构的ARs

（3） ChemBioOffice 2010化学生物办公软件 美国CambrigeSoft 公司

（4） Accelys Discovery Studio 2。1分子模拟软件 美国Accelrys公司

2。2方法

2。2。1受体蛋白准备

从Protein Data Bank数据库（ www。rcsb。org）中下载α-葡萄糖苷酶的三维结构，并用DS软件处理该蛋白质。纯化蛋白质，去除所有的水分子，去除蛋白多余部分，补充完整的氨基酸残基，为蛋白加上极性氢等[32]。本研究选取酿酒酵母源（Saccharomyces cerevisiae）PDB编码为3A4A的α-葡萄糖苷酶三维结构（如图2-1）。来.自^优+尔-论,文:网www.youerw.com +QQ752018766-

图2-1 酿酒酵母源的α-葡萄糖苷酶分子的三维结构(PDB编码为3A4A)

Fig。2-1 The three-dimensional structure of α-glucosidase from Saccharomyces cerevisiae

(PDB ID:3A4A)

2。2。2配体选择

 本实验分别选取（1）烷基侧链的饱和度和苯环取代基保持不变，改变烷基侧链的长度，包括饱和烷基侧链的ARs（C15:0、C17:0、C19:0、C21:0、C23:0），不饱和烷基侧链的ARs（C15:2、C17:2、C19:2、C21:2、C23:2）（2）烷基侧链的长度和苯环取代基保持不变，改变烷基侧链的饱和度，包括1,3-二羟基-2-甲基-5-十五烷基苯及单、双、三不饱和衍生物（3）烷基侧链的长度和饱和度保持不变，改变苯环取代基，包括1,3-二羟基-5-（十五烷基-8-烯）苯及其衍生物，1,3-二羟基-5-（十五烷基-8,11,14-三烯）苯，3组ARs作为配体。

2。2。3配体准备

将本实验选取的配体利用ChemBioOffice 2010软件ChemDraw模块绘出ARs结构式（图2），Chem3D模块进行能量最小化计算，并用DS软件加极性氢，赋予重力，用于分子对接[32]。