除了明显的行政等级的变化外，当时驻扎在高邮地区的军队受运河影响，等级也有了一个明显的变化。“明立高邮指挥使司属中军都督府，准高邮卫置军六千七百二十”[2]217，由此可知高邮这一地区在明代受到统治者的重视。到了清代“升高邮守御所为高邮卫，统五千户所，兴化守御所亦隶焉”[2]70，通过文献记载，可以发现高邮城市在当时政府统治者看来占据了一个重要的地位，否则也不会提升在高邮城的军队等级和数量。此外，高邮地区军队的设置也与运河有着密切关联，“高邮卫设守备及千总，轮年押运北上，所属军丁专司运粮。”[2]217由于运河对高邮城的重要影响，高邮地区军队的设置自然也就与运河息息相关。而军队设置的目的是维护城池的安全，受明清时期运河的影响，高邮地区军队职能发生分化，“卫军则专司领运，另设营汛以资防御城守”[2]217，运河对高邮城的行政等级的影响有时也能体现在军事方面。

明清时期，由于城市与运河漕运的关系转变，运河对高邮城市行政等级的影响逐渐变大，不仅体现在统治者对高邮段运河城市重视带来的行政等级提升，有时也会体现在高邮地区驻军等级和军队职能的分化。明清时期的运河促使了高邮这一类城市政治地位的提升。