2 分子动力学模拟(MD)的方法

分子动力学模拟（MD 模拟）的核心部分为分子势能的定义和计算，其决定了粒子的运 动趋势及轨迹，直接影响了宏观性质的预测。此外，还需设定体系的计算条件，包括系综条 件、边界条件、求解算法等。因此，本部分内容中将首先阐述模拟的物理模型——分子势能 及力场模型，然后描述几何模型——系统建模、边界设置、位能截断和系综条件等建模详情， 最后将对数据处理的计算方法——导热系数的计算、应力应变曲线进行介绍。来-自~优+尔=论.文,网www.youerw.com +QQ752018766-

2。1 分子动力学模拟的基本原理

考虑由 N 个分子或原子构成的运动系统，系统的能量为系统中分子或原子的动能与系统

总势能的总和。其总势能为分子中各原子位置的函数U (r1, r2 ,。。。, rn ) 。通常总势能包含分子间（或 分子内）原子间的非键结范德华作用（VDW）与分子内部势能（int）两大部分