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转录组和蛋白质组具有不完整性和互补行性[35]，尽管转录组和蛋白质组中的实验方法存在很大的差异，但由于这两种方式的目的同是获得的基因表达过程中的状态，不过它们之间存在一些共同的地方。从生物学的角度，mRNA表达水平是指基因表达的中间状态，这可以说明潜在的蛋白表达水平。但是蛋白质是执行机构的直接主体，因此，蛋白表达水平的测量具有不能被取代的作用。然而，由于转录后调控的影响，转录组不可以完全代表的蛋白质组，而在体内的转录和蛋白质组之间的相关性可能并不理想。在实验方法中，可以让转录组在低水平的消耗，实现高水平的通量，并在一定程度上可以提供更详细的信息[31]，但有时因为样品问题，很多疾病的转录迄今难以测量，同时，蛋白质组对部分蛋白，膜蛋白和其他指标也有一定程度的困难去测量。所以，对于转录组和蛋白质组研究，都各自有自己的优势和缺陷。
从逻辑上看，转录组代表基因表达的中间形式，蛋白组代表基因表达的最终状态，而且是执行完成基因功能的最后形式。所以为了节约生物体资源，在正常情况下将实现两个表达呼应，以及在另一方面，生物体将充分利用此链接并作为基因表达的调节步骤。所以，在一般情况下，大多数的转录组和蛋白质组的应是相互关联，并且只是极少的基因不与调节相关。并且，在不同的组织和细胞，因为需要被调节的基因可能是不一样的，因此，在不同的组织和细胞中的不同的基因通常是不同的。虽然目前的研究并没有明确说明这些规则，但在一般情况下，这种趋势的反应是正确的。
由于具有互补性和不完整的，并在综合转录组和蛋白质组研究和现有的研究倾向的得到的两个不同的表达谱是一个“全景”的表达谱，取得了一体化和互补的成果。已经出现了若干说明了该方法的报告，另外，分子分析，分类，预测，预防，早期发现和药物在癌症的发展也已经使用。研究蛋白质组学的融合，包括其他各组的转录组正在进行中。这些研究将提供获得新的代谢途径和调节网络[32]新的基础。因为转录组和蛋白质组的比较研究可以揭示基因表达的转录后调控的状态，因此转录组和蛋白质组的关系将可能是未来的系统生物学[33]中不可忽视的一部分。