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人SEPT 9蛋白序列特性和结构建模研究(4)
表1 人SEPT 9蛋白分类结果
Table 1 Classification results of SEPT 9 protein
类 别 蛋白质ID号 氨基酸长度
常规SEPT9 gi|164698502
gi|164698504
gi|530411379
gi|119609870 474
335
362
247
MCLC- SEPT9蛋白 gi|164698494
gi|164698498
gi|116256489
gi|90651998 586
579
568
341
TrbI-SEPT9蛋白 gi|578830271 422
图1 人SEPT 9蛋白的氨基酸序列的进化树
Figure 1 Phylogentic tree of SEPT 9 protein in Homo sapiens
图2 人SEPT9蛋白的保守结构域分析
Figure 2 Conservative structure domain analysis of SEPT9 protein
注:A代表 septin-9 isoform a B代表 septin-9 isoform d C 代表septin-9 isoform x6
2.2人SEPT 9蛋白理化性质分析
从三类SEPT9蛋白序列中选取3条,利用Protparam工具分析该基因产物的基本理化性质,结果表明,gi|164698494蛋白质分子式为C2853H4633N835O883S20,理论等电点是9.06,相对分子质量是65401.4,共含有20中基本氨基酸,其中含量最多的是Glu(9.2%)、ser(8.2%)和pro(8.2%),最低的是Cys(0.9%)和Trp(0.3%),不含有稀有氨基酸,带负电残基79个(13.48%,包括Asp和Glu),带正电残基为88个,(15.02%,包括Arg和Lys);该蛋白质水溶液吸光系数为24660,不稳定系数为63.48,平均总亲水性(Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.663。
gi|164698502蛋白质分子式为C2306H3691N671O704S26,分子量为52913.3,理论等电点(pI)为7.14,共含有20种基本氨基酸组成含有20种基本氨基酸,含量最高的是Gly (9.3%)和Glu(8.4%),含量最低的是Trp (1.1%) 和Tyr (1.7%),带负电荷残基64个(13.50%,包括Asp,Glu),带正电荷的残基54个(13.50%,包括Arg和Lys),该蛋白质水溶液吸光系数为40170,不稳定系数为48.52,平均总亲水性(Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.508。
gi|578830271蛋白质分子式为C2087H3349N585O641S18,分子量为47501.2,理论等电点(pI)为6.08,共含有20种基本氨基酸组成含有20种基本氨基酸,含量最高的是Glu (9.7%)和Pro(8.1%),含量最低的是Trp (0.5%) 和cys (1.2%),带负电荷残基62个(14.7%,包括Asp,Glu),带正电荷的残基57个(13.5%,包括Arg,Lys和His),该蛋白质水溶液吸光系数为23170,不稳定系数为57.30,平均总亲水性(Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.580。结果表明以上三种蛋白均为不稳定蛋白,总体上亲水性和疏水性比较平衡,蛋白中Glu含量高,而Trp含量较低,这可能与其功能有关。
表2 三种人SEPT9蛋白的理化性质分析
Table 2 The physical and chemical properties analysis of SEPT9 protein
序列号 MW PI值 分子式 含量最多
的AA 含量最少的AA 带负电残基数 带正电残基数
gi|164698494 65401.4 9.06 C2853H4633N835O883S20 Glu(9.2%)
ser(8.2%)
pro(8.2%) Cys(0.9%)
Trp(0.3%) 79 88
gi|164698502 52913.3 7.14 C2306H3691N671O704S26 Gly(9.3%)
Glu(8.4%) Trp (1.1%)
Tyr (1.7%) 64 54
gi|578830271 47501.2 6.08 C2087H3349N585O641S18 Glu(9.7%)
Pro(8.1%) Trp (0.5%) 62 57
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