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南、北军阀各有自己的相对独立性，他们之间的差异性，可以归结为下面几个方面：
南、北军阀产生的具体条件不尽相同。北洋军阀产生于清朝末年。在甲午战争中，北洋海军全军覆没，陆军（淮军）也全面溃退。清政府成立新建陆军，并派袁世凯在小站练兵。北洋军阀就是从袁世凯小站练兵发展起来的。西南军阀产生于民国初年。滇系和桂系利用护国战争的声势，扩大势力，并正式形成地方军阀。
南北军阀在本质上没有什么区别，但其关键人物在中国近代历史上的经历却不尽相同。北洋军阀的头面人物，基本上是清末行伍出身的反对军官，他们先是与清政府结合在一起，后来又反对民国。但是西南军阀的头面人物中，有的参加过辛亥、二次或护国战争，有的还加入过资产阶级派的政党，他们的前半生或多或少是有功绩的。
南、北军阀都是中央或地方的实权派，但二者的权力是不一致的。北洋军阀控制着北京政权，可以利用中央的名义，实行武力统一政策。但西南军阀仅仅是一批大大小小的土皇帝而已，没有什么统一的机关可言。
南北军阀都投靠帝国主义，但投靠的程度不一致。北洋军阀与帝国主义的联系更为密切，更为直接。而西南军阀由于力量有限，与帝国主义的联系不很密切，也比较间接；有些较小的军阀，为了自身的生存和发展，在一个时期之内，还会发出反对帝国主义的呼声，然而当他们的势力发展以后，投靠帝国主义又会成为一种必然趋势。
南北军阀最终都被推翻，但被推翻的方式与具体情况不同。北洋军阀的主体是在第一次大中被消灭的，少数则统一于国民党之下。而西南军阀的结局则要复杂得多。西南军阀的主体滇系和桂系是在第一次大中被吞没，但随之而起的新滇系和新桂系，虽然加入了国民党新军阀，但有的头面人物，出于爱国的民族气节，响应党的号召，成为起义将领。还有一些人参加了北伐战争和抗日战争，表现了进步性。
袁世凯死后，黎元洪担任总统，段祺瑞担任国务。实际权力掌握在段祺瑞手中。从1916年到1920年，是皖系军阀在统治中国的时期。
段祺瑞一上台，就企图破坏临时约法，恢复1914年袁世凯制订的约法。1916年袁世凯死后，关于总统继位问题是按照袁世凯的约法为依据的，即“大总统因故去职或不能视事时，副总统代行其职权”。据此决定由副总统黎元洪代行大总统职权。
但是，西南军政首领虽然同意由黎元洪担任总统，但是在法律依据上，却反对根据袁世凯的约法“代行”大总统。西南方面在反袁斗争中，根本不承认袁世凯的约法。他们依据的是临时约法中的《大总统选举法》，“总统缺位，副总统继任”。于是，在黎元洪的总统资格问题上，便发生了所谓“代行”与“继任”、“临时约法”与“袁世凯约法”之争。
段祺瑞自己也感到，他们主张的“代行”，在法律上是站不住脚的，因为“代行”只能是三天，超过三天，则仍然要进行选举。但是，这时国会早已被解散，没有选举机关，而且在三天之内选出新总统，也不可能。于是，北洋军阀有意含糊其辞，时而说黎元洪是“代行”，时而说他是“接任”，有意混扰临时约法和袁世凯约法的界限。
与新旧约法同时争论的，还有国会问题。临时国会和临时约法一样，是袁世凯非法废除的。所以南方各省在主张恢复临时约法的同时，也主张恢复临时国会。但是，在如何恢复国会问题上，存在着不同意见。一种意见认为，要恢复临时国会，只能重新选举。但是，重新选举国会议员，一则需要时间，二则当时全国的大部分地区为北洋军阀控制，选举只会有利于北洋军阀。另一种意见认为，袁世凯解散临时国会时，国会议员的任期只有三年，不满法定的五年，差的两年，应该补足。