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（一）缺乏现代人力资源管理的理念
现代人力资源管理在我国兴起与发展的时间并不长，所以人力资源管理所起的作用和产生的影响没有那么大，最主要还是因为人力资源管理理念的滞后。事业单位的人力资源管理模式比较陈旧、管理人员的观念有些落后,很难跟得上经济发展的需要。再加上我国事业单位的工作人员，大多都是有编制的，总是潜意识里把自己当成“单位人”，有着手握“金饭碗”的思想。这些都会让职工安于现状，没有竞争意识。这些片面的思想或错误的认知，使得事业单位虽然对人力资源管理进行改革，却一直都没能取得预期中的效果，反而让事业单位的人事制度变得更加复杂。
（二）人力资源开发模式老化
现今事业单位的人力资源开发模式老化，没有属于其自身的一个完整的管理机构和系统的管理机制,并不足以应对当前转变工作职能和提高工作效率的需要。事业单位的组织机构普遍由领导-职工这种单一的结构模式构成,领导提出决议并对其负责，职工无异议，只管执行，并且一律服从上级的安排。这种直线型的管理限制了职工思想的灵活性、能动性和创新性。领导和职工之间由于地位悬殊，存在着隔阂,不容易沟通和交流。这样就不能更好的了解下属的特长，也不能合理地开发、利用人力资源，让其更大地发挥自身的优点。这种单一的由上级作出决策，下级只负责执行的管理方式,大多还忽视了对职工操作技能的培训，同时也缺乏结合理论进行实践的锻炼。现职的事业单位高层管理人员很多都是随着工作资历的增长带动职位升迁上来的,他们本身可能并不具备领导工作所需的专业知识和管理技能,大体都是遵照上级的指示来展开工作,不能结合本单位的实际情况来做出具体的、有针对性的指导。而事业单位的职工,如果不随着知识的更新接受培训,增强自身的技能水平,那么不具备自身工作所需要的技能，甚至不能胜任本职工作似乎是必然的。
（三）人员配置随意，岗位管理不够科学
社会在不断地发展，所需人才也日益增加，人力资源的流动也就越来越重要了。所以保证人才能灵活的流转，让人才到其适合的岗位，能更好地促进整个人力资源管理的不断进步和发展。新型人才所具备的知识、技能也会给社会的发展带来新的活力，贡献新的智慧。我国当前的事业单位很多都成立于改革开放初期，其人员招聘渠道和编制的管理并没有紧随社会脚步而产生变化，事业单位的职工招聘很多依然听命于上级主管部门，并且把控过于严格，事业单位自身在人才方面并没有用人的自主权，限制了事业单位的发展。而在事业单位的内部,缺乏规范、科学的用人制度，人员聘请、留用权过于集中，人才能否被录用主要取决于领导的赏识，这种制度限制了职工的自我发展，更缺乏一种毛遂自荐、积极进取的精神，从而使得人才资源有着严重的闲置或浪费。工作中默认的人力资源选拔的“潜规则”，如论资排辈、因人而设置工作和岗位、对特殊人员迁就照顾等，这些都会使职工的工作积极性降低。
现今的事业单位虽然已经进行了岗位管理，但是由于种种原因，事业单位的人员结构仍然非常复杂。所以在实际操作过程中，难免会存在一些因人设岗的现象。在人员配置方面，虽然对人员的资历、学历等因素考虑的较多，但是，岗位一经确定，想要变动会很复杂，阻力就会变得很大。岗位管理和人员配置不合理，又使得很多有着突出工作能力和远大抱负并且想做好事情的人不能充分发挥其自身的优势。另外，对于不具胜任自身岗位能力的人员，事业单位又不能很轻易地与其解除劳动合同，这样必然会错失适合工作岗位的优秀人才，而无法胜任工作的人员却又占用了有限的编制，造成职位的浪费，使得事业单位不能对于岗位所需人才进行及时有效的补充。