然而这个理论虽然在短时间内提供了一定量的农业生产资金，但是也存在一定的缺陷和不足。首先，该理论的假设条件——贫困阶层是没有储蓄能力的，就不符合实际情况，因为贫困户也是有储蓄需求的，事实上，只要存在一定的激励机制，比如较高的储蓄利率、简便的手续等，大多数的农户还是会选择储蓄来保存或增加自己的财富的。其次，政府提供的低息农业贷款实际上并不能真正地用于小农户的农业生产，出于交易成本的考量，在逆向选择的作用下，大部分的信贷补贴还是会被分配给有能力获得商业性融资的富农，这与该理论的初衷相悖。最后，由于监管的缺失使得信贷补贴理论缺乏可持续的条件。