一、毕业设计（论文）内容及要求（包括原始数据、技术要求、达到的 指标和应做的实验等）

采用 SVM 算法对核小体位置信息进行预测，通过组合特征的方法对核小 体序列进行表示，通过 jackknife 交叉验证和 Sp、Sn、Acc 和 Mcc 等指标对 实验结果进行评价。主要内容：（1）获取含有核小体位置信息的 DNA 序列 并优化；（2）通过特征组合的方式对序列进行表示；（3）构建分类器，对数 据集进行 jackknife 交叉验证；（4）实验结果评价分析。82331 

二、完成后应交的作业（包括各种说明书、图纸等）

1。 毕业设计论文 

2。 源程序 

3。 技术文档 

4。 英文原文及译文 

三、完成日期及进度

自 3 月 7 日起至 2016 年 6 月 10 日止进度安排： 3。6－3。20:调研，收集资料，方案设计,系统分析，熟悉开发工具； 

3。21－5。6: 系统详细设计与实现； 

5。7－5。17: 系统方案和算法的性能测试； 

5。18－5。24:系统方案和算法的优化；

5。25－6。10: 撰写毕业设计论文网，毕业设计答辩。 

四、主要参考资料（包括书刊名称、出版年月等）:

[1] Guo S-H, Deng E-Z, Xu L-Q, Ding H, Lin H, Chen W, et al。 iNuc-PseKNC: a sequence-based predictor for predicting nucleosome positioning in genomes with pseudo k-tuple nucleotide composition。 Bioinformatics 2014:btu083。

[2] Chen, W。, et al。 iN uc-PhysChem: a sequence-based predictor for identifying nucleosomes via physicochemical properties。 PloS One, 2012, 7, e47843。

[3] Goni, J。R。, et al。 Determining promoter location based on DNA structure first-principles calculations。 Genome Biology, 2007, 8, R263。

[4] Zhang, Z。, et al。Predicting nucleosome positions in yeast: using theabsolute frequency。 Journal of Biomolecular Structure & Dnamic, 2012a, 29, 1081-1088。

[5] Zhang, Z。, et al。 Prediction of Nucleosome Positioning Using the Dinucleotide Absolute Frequency of DNA Fragment。 MATCH: Communications in Mathematical and in Computer Chemistry, 2012b , 63, 639-650。

[6] Zhao, X。, et al。 Prediction of nucleosome DNA formation potential and nucleosome positioning using increment of persity combined with quadratic discriminant analysis。 Chromosome Research, 2010, 18, 777-785。

[7] Chou,K。C。 Prediction of signal peptides using scaled window。 Peptides, 2001c, 22,1973–1979。

[8] Chou,K。C。 Using amphiphilic pseudo amino acid composition to predict enzyme subfamily classes。 Bioinformatics, 2005, 21, 10–19。

[9] Chou,K。C。 Pseudo amino acid composition and its applications in bioinformatics, proteomics and system biology。 Curr。 Proteom。, 2009, 6, 262–274。

[10] Chou,K。C。 Some remarks on protein attribute prediction and pseudo amino acid composition。 J。 Theor。 Biol。, 2011, 273, 236–247。