进入21世纪后，第二代高通量测序技术慢慢走入人们的视线。相较于第一代测序技术其成本更低、效率更高、过程更加方便，因此第二代高通量测序技术的出现，极大的推动了科学家们对叶绿体基因组研究的热潮。第二代高通量测序技术成为了基因研究领域的主要手段。直到如今，NCBI收录的叶绿体基因组成果大多数都是依靠第二代高通量测序技术获得的。[13]

近年，随着科学技术手段的发展，第三代测序技术慢慢成为了科学研究的前沿手段，具备比第二代高通量测序技术更高的通量，更高的效率，并且可以更长的读取基因。

2 浙麦冬与川麦冬叶绿体基因组提取

根据统计，一般来说,主要有三种方式获得叶绿体DNA基因组序列:第一种是使用高盐-低PH法，首先分离叶绿体，再从叶绿体中提取叶绿体基因。 第二种是使用短程PCR引物对叶绿体DNA进行放大，然后以Sanger测序方法测序第三,通过分离得到总基因组DNA，进行构建DNA文库,利用下一代的测序技术进行测序。但是,上述方法均需要消耗大量新鲜的叶子作为样品进行测序。除此之外，得到的叶绿体DNA可能会有比较多的染色体存在缺口，即不完整性。为了避免这些问题，该实验研究选用由杨俊波等人研究的方法，即通过九个通用引物来放大整个麦冬的叶绿体基因组，然后对其进一步筛选、拼接和组装。[14]