裸子植物云杉GDU蛋白异常扩增与进化分析(3)
1.5 云杉GDU家族基因的表达分析
为弄清云杉GDU家族基因的表达情况，我们从NCBI的GEO数据库中下载这个家族基因相关的芯片表达数据，进而利用TM4(http://www.tm4.org/)软件包中的相关软件对这些基因表达数据进行处理。最终，其表达热图由Cluster软件绘制(http://bonsai.hgc.jp/~mdehoon/software/cluster/software.htm)。
2.结果与分析
2.1 云杉GDU家族基因的鉴定
对拟南芥GDU基因进行BLAST得到63个云杉基因，对这63个基因进行GDU蛋白功能结构域验证[15]，证实这63个云杉基因为GDU家族基因。然后对这些基因重新命名，并进行ORF长度、EST、TM结构域鉴定得到表1，从表1可以看到云杉GDU家族基因ORF长度参差不齐分布在100~2500的范围内，EST也有多有少，TM结构域则大多只有以一个，少数没有或有两个。
表1 云杉GDU家族基因鉴定表
基因名称 基因ID号 基因匹配区段 ORF长度 EST TM结构域模式
PaGDU1 MA_101855g0020 MA_101855:22894-23235 348 1 1(20-42)
PaGDU2 MA_102205g0010 MA_102205:4215-4439 225 6 0
PaGDU3 MA_10310271g0010 MA_10310271:6787-7242 456 11 1(31-53)
PaGDU4 MA_10429436g0010 MA_10429436:1211-1480 270 0 0
PaGDU5 MA_10429436g0020 MA_10429436:27352-27750 399 11 1(20-42)
PaGDU6 MA_10430223g0010 MA_10430223:20669-21100 432 1 2(21-43)(63-85)
PaGDU7 MA_10430994g0010 MA_10430994:7341-7691 351 5 1(15-37)
PaGDU8 MA_104842g0010 MA_104842:31166-31510 345 0 1(20-42)
PaGDU9 MA_109443g0010 MA_109443:2596-8731 6136 3 0
PaGDU10 MA_1132007g0010 MA_1132007:1447-1824 378 1 1(36-58)
PaGDU11 MA_127138g0010 MA_127138:16407-16优尔 345 1 1(28-50)
PaGDU12 MA_131887g0010 MA_131887:17945-18274 330 0 1(23-45)
PaGDU13 MA_132027g0010 MA_132027:111-545 435 1 1(61-83)
PaGDU14 MA_132027g0020 MA_132027:12640-13008 369 2 1(38-60)
PaGDU15 MA_132385g0010 MA_132385:599-3001 2403 0 1(20-42)
PaGDU16 MA_134410g0010 MA_134410:8723-9076 354 0 1(23-45)
PaGDU17 MA_16925g0010 MA_16925:2877-3230 354 10 1(22-44)
PaGDU18 MA_169850g0030 MA_169850:16356-16802 477 4 1(54-76)
PaGDU19 MA_170992g0010 MA_170992:1-1083 1083 1 1(20-42)