摘要：ABC转运蛋白质家族是古老而庞大的家族，是一类ATP驱动泵，具有多样化功能。可是至今为止在裸子植物云杉中仍然没有ABC转运蛋白家族的系统分析研究。基于生物信息学手段本研究从云杉基因组中挖掘到205个ABC蛋白，并对这些蛋白进行了序列、表达及进化得分析。结果表明：系统进化分析显示，ABC转运蛋白被分为A和B两大类群，其中A类群包括5个亚群，B类群包括11个亚群；功能注释分析显示，205个云杉ABC蛋白参与了304个生物学过程、97种分子功能、36种与细胞组成相关的功能等；表达谱分析表明，云杉基因中有的基因在表达时是两个基因具有协同性，有的是三个基因之间中的任意两个基因在表达时具有协同性。这些研究为我们进一步研究云杉ABC转运蛋白的功能提供了理论指导。85025

毕业论文关键词：云杉；ABC转运蛋白；鉴定；进化关系

Study Gymnosperms Spruce ABC Transporter Protein Identification And Evolutionary Relationships

Abstract：ABC transporter protein family is ancient and huge family, is a class of ATP-driven pumps,have perse functions。 But so far the gymnosperms spruce still no systematic analysis of ABC transporter protein family。 Based on this study, bioinformatics tools excavated from spruce genome to 205 ABC proteins, and these proteins are sequenced, and evolved expression analysis。 The results showed that: Phylogenetic analysis showed that ABC transporters are pided into two groups A and B, wherein A group included five subgroups, B group included 11 subpopulations; functional annotation analysis showed that 205 Spruce ABC proteins involved in the 304 biological process, molecular function 97 kinds, 36 kinds of cells related functions; expression profiling showed that when spruce gene expression of some genes in the two genes are synergistic, some three gene between any two genes in the expression synergistic。 These studies further our research spruce ABC transporter protein function provides a theoretical guidance。

  Keywords：Spruce；ABC Transporter Protein；Identification；Evolutionary Relationships

目    录

1 引言 2

2 材料与方法 3

2。1 物种选择与序列数据检索 3

2。2 序列下载与聚类分析 3

2。3 功能注释分析 4

2。4 序列比对与系统进化关系分析 4

2。5 基因的表达规律 4

3 结果与分析 4

3。1 云杉ABC蛋白的鉴定 4

3。2 云杉ABC蛋白的分类情况 4

3。3 云杉ABC蛋白的功能注释 6

3。4 云杉ABC基因的系统进化关系 11

3。5 云杉ABC基因的表达特性 13

4 讨论与结论 16

参考文献 18

附录 19

致谢 19

裸子植物云杉ABC转运蛋白的鉴定与进化关系研究

 1 引言

    ABC转运蛋白也叫作ATP结合盒式转运蛋白，这种蛋白质家族是古老而庞大的家族，是一类ATP驱动泵。因为这种蛋白家族中的所有的蛋白质的结构中均含有一个ATP的结合盒，并且具有运输物质的功能，所以被称为ABC转运蛋白。全部的ABC转运蛋白质的结构均含有一个高度保守的ATP的盒(ABCs)或接合核昔酸的域(NBDs)和跨膜结构域，Walker等[2]发现每个NBD包括三个共有的序列，即WalkerA基序、WalkerB基序和一个ABC域（也称C基序)。其中ABC域是NBDs的家族域，WalkerA和WalkerB间隔大约120个氨基酸，并且中间被ABC域所隔开。所以ABC转运蛋白是一种用于膜整合蛋白质来执行它的运输功能的。它运输的物质主要有肽、糖、脂、重金属螯合物、糖类、类固醇、生物碱、无机离子和谷胱甘肽结合物等[3]。