茄子PAL家族基因的全基因组鉴定与分析
毕业论文关键词：PAL，茄子，全基因组，基因家族
Genome-wide Identification and Analysis of the PAL gene family in Eggplant
Abstract: PAL phenylalanine ammonia-lyase is a key enzyme in the phenylpropanoid pathway, its role in plant metabolism is very important, a recent study found that PAL is not work by a single gene , but by a group of genes. thereby to get more in-depth understanding of the characteristics of PAL, PAL gene family eggplant paper for the study, identification and analysis its whole genomes, in order to obtain more valuable information of PAL gene.
Keywords: PAEggplant, Genome-wide, Gene family
目 录
摘要 3
引言 3
1材料与方法 4
1.2 茄子PAL家族基因的结构特征 4
1.3 茄子PAL家族蛋白的序列特征 4
1.4 茄子PAL家族基因的系统进化分析 5
2 结果与分析 5
2.1 茄子PAL家族成员鉴定 5
2.2 茄子PAL家族基因的结构特征 6
2.3 茄子PAL家族蛋白的序列特征 7
2.4 茄子PAL家族基因的系统进化关系 8
3讨论和结论： 10
致谢 12
茄子PAL家族基因的全基因组鉴定与分析引言
苯丙氨酸解氨酶（PAL）是一种与植物抗性相关的酶［4］，它通过催化L-苯丙氨酸脱氨生成肉桂酸和氨［5］，进而合成多种具有抗菌作用的产物，是植物体内次级代谢的关键酶和限速酶［6］，它活性的高低与植物的抗性密切相关。这种酶已在许多生物被确定，范围从原核生物到高等植物［7］。由于茄子是双子叶植物富含多种次级代谢产物品种它是人们研究苯丙途径的一个合适的选择。
为了更好地了解茄子PAL基因家族在植物抗逆环境过程中的作用机制，本研究利用GenBank数据库中公布的番茄、小立碗藓、江南卷柏、云杉、拟南芥、水稻、土豆［8］等的EST数据库进行同源搜素，然后用生物信息软件把获得的同源性高的EST序列进行序列拼接，最后在冗余数据库中进行搜索，确认电子克隆得到的茄子的PAL基因［9］。同时利用生物信息学工具对其基因和蛋白序列进行了分析，同时也对它的保守性进行了解释，以期为PAL基因在茄子抗病及分子育种中的应用提供基础性的分子生物学依据。
1材料与方法
1.1 物种选择与目标基因下载
茄子物种全基因组序列已经被测定，其数据存放在Eggplant Genome DataBase (http://eggplant.kazusa.or.jp/)数据库中。以拟南芥AtPAL1、AtPAL2、AtPAL3和AtPAL4基因为检索序列，基于同源搜索策略，利用BLAST工具在茄子上述数据库中检索茄子PAL家族基因的所有成员，并下载这些茄子PAL基因的基因组、编码和蛋白序列［10］。为确证这些基因是否为茄子PAL家族基因，我们利用Pfam工具分析这些茄子PAL蛋白的功能结构域，含有PAL典型功能结构域的蛋白被视为PAL家族成员。
1.2 茄子PAL家族基因的结构特征
为阐明茄子PAL家族基因的结构，对茄子PAL基因的基因组和编码序列进行比较分析，其比较分析由GSDS在线服务器完成［11］，该工具可以输出茄子PAL基因结构图。为了深入了解茄子PAL基因的结构特性［12］，我们还在基因结构上标注了外显子［］、内含子长度以及内含子的相位等信息［13］。
上一篇：大麦再生体系的构建
下一篇：蓖麻MFT基因家族生物信息学分析