Prx5蛋白的结构和功能研究+文献综述(2)
1 材料和方法
1.1 抽样物种
本文的抽样物种为人类，对人类Prx5基因和蛋白功能分析。
1.2 研究方法与工具
1.2.1 氨基酸序列分析
利用Protein-BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein）同源搜索其保守结构域，确定其可能的功能。
1.2.2理化性质分析
利用ExPASy网站的Protparam（http://expasy.org/ proteomics，http:// web .expasy. org/cgi-bin/protparam/protparam）工具预测蛋白质的基本理化性质。
1.2.3 亚细胞定位、跨膜区、信号肽分析和磷酸化分析
利用TargetP进行亚细胞定位分析，在http://expasy.org/proteomics上利用TMHMM工具分析蛋白质的跨膜区和跨膜方向，利用SignalP 4.1 Server软件预测氨基酸进行前导肽预测，NetPhos 2.0 Server软件预测磷酸化作用位点。
1.2.4 二级结构、球蛋白区预测
利用SOPMA工具预测蛋白质的二级结构，利用GlobPlot软件（http://globplot. embl.de/）对Prx5蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测。
1.3.5对Prx5蛋白的进化分析
利用DNAMAN软件将人Prx5蛋白与其近缘动物Prx5蛋白序列进行同源比对并构建进化树。
2 结果与分析
2.1 Prx5蛋白序列分析
对氨基酸序列进行Protein-BLAST同源比对，结果（图1）表明，该蛋白不存在保守结构域，其蛋白属于Thioredoxin超家族。该蛋白质序列如下:
>gi|109731385|gb|AAI13724.1| Peroxiredoxin 5 [Homo sapiens]
MGLAGVCALRRSAGYILVGGAGGQSAAAAARRCSEGEWASGGVRSFSRAAAAMAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
图1 Prx5蛋白保守结构域预测图
2.2 Prx5蛋白理化性质分析
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