1.1 国外研究状况
1.2 国内研究现状
2 材料和方法
2.1 材料
本次研究共在常州水产批发市场采集了3个克氏原螯虾群体各20尾样本,通过向销售人员询问了解群体来源4分别为湖北(HB)、山东(SD)和河南(HN)。
2.2 主要仪器设备及试剂
2.2.1 主要仪器设备
(1)移液枪 eppendorf 规格:100-1000µl、20-200µl、0.1-2µl
(2)高速台式冷冻离心机 TGL-16gR
(3)电热恒温鼓风干燥箱 OHG-9143B5-Ш
(4)脱色摇床 STS-3
(5)离心管 1.5ml
(7)PCR仪T100
(8)微型离心机 Mini-7K
(9)漩涡混合器 ORTEX-5 VORTEX-5
(10)微量紫外分光光度计 NanoDRop2000C
(11)电泳仪 DYY-6C型
(12)凝胶成像系统 Gel Doc EZ
2.2.2 主要实验试剂
抽提缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、酚、氯仿(三氯甲烷)、异戊醇、TE缓冲液(抽提缓冲液、TE缓冲液配制后需灭菌)、70%乙醇、-20℃预冷无水乙醇、Acr(丙烯酰胺)、5×TBE、AP(过硫酸铵)、TEMED、EB(溴化乙锭))
2.3 微卫星引物
本研究根据发表于GenBank上的克氏原螯虾微卫星引物序列,选用了4对引物用于此次研究。
座位 引物序列 退火温度 重复类型 片段大小 Genbank号
PclG-04 F:TATATCAGTCAATCTGTCCAG
R:TCAGTAAGTAGATTGATAGAAGG 54 (TCTA)3…(TCTA)2…(TCTA)29… (TCTA)2 170–290 AF290921
PclG-07 F:CCTCCCACCAGGGTTATCTATTCA
R:GTGGGTGTGGCGCTCTTGTT 63 (TCTA)8 100–160 AF290922
PclG-13 F:CTCTCCTGGCGCTGTTATTTAGC
R:TGAAGAGGCAGAGTGAGGATTCTC 62 (TCTA)12 130–150 AF290926
PclG-17 F:GTCGGGAACCTATTTACAGTGTAT
R:AAGAGCGAAGAAAGAGATAAAGAT 57 (TCTA)14 156–190 AF290929
2.4 DNA提取文献综述
采用苯酚-氯仿抽提法提取克氏原螯虾基因组总DNA,步骤为:
(1)用洁净的镊子取固定于无水乙醇的鳍条或肌肉组织100-200mg(约指甲盖大小)放入2mg灭菌离心管中,用洁净手术剪刀将其剪碎,剪碎后晾干使酒精挥发,注意每剪完一个样品,剪下一个之前将镊子和剪刀在蒸馏水中漂洗,然后用酒精棉擦拭以防样品污染。
(2)用移液枪向离心管中加入500-800uL抽提缓冲液及2.5 uL(1mg/mL)蛋白酶K(根据样品量确定加入抽提液体积),置于55℃烘箱或水浴锅中消化反应4-5小时或消化反应过夜(开始进行消化反应的半小时每隔5分钟翻转样品管,使成团组织块分散),消化至样品管内看不到组织碎块完全成为液体。
(3)从水浴锅或烘箱中取出消化好的样品,室温下放置冷却至室温。
(4)向离心管中加入等体积的平衡酚(抽提缓冲液:平衡酚=1:1,平衡酚PH=8.0)。