使用琼脂糖凝胶电泳的方法检测DNA的纯度和模板的完整性：取5ul 的DNA样品与2ul 6×Loading Buffer进行混合，在1%-1。5%的琼脂糖、1×TAE缓冲液和含溴化乙锭（EB）（0。5ug/ml）配置成的琼脂糖凝胶中进行电泳检测，并且使用紫外凝胶成像系统（Bio-RAD，Universal HOODⅡ）在电脑上进行拍照，观察条带清晰度和亮度以及点样孔的亮度，观察电泳条带有无严重的拖尾等现象来确定小酸浆样本DNA的纯净度和模板的完整性。

3。3 SSR-PCR扩增与引物的筛选

SSR-PCR扩增体系的配置：

1×体系

ddH2O 3μl

PrimerF 0。5μl

PrimerR 0。5μl

Mix 5μl

DNA 1μl

总计 10μl

注意体系配置完成后要滴加适量甘油，避免挥发。

SSR-PCR体系在Eppendorf AG 22331 Hamburg型PCR扩增仪上的扩增程序：扩增的参数为：94 ℃，5 min预变性；（94 ℃，45 s变性，根据不同引物相应的Tm退火值（一般为56℃）45 s复性，72 ℃，1。5 min延伸）统共35个循环；最终72 ℃延伸10 min，16 ℃恒温保存。

SSR引物的筛选：对扩增后的PCR产物进行电泳检测，以SSR标记的PCR扩增产物于220V电压下进行电泳，采用6%的聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳进行检测，电泳时长约为50～90分钟。具体的操作过程如下所述：文献综述

（1）制作6%聚丙烯酰胺凝胶：

①清洗2对玻璃板、塑封玻璃条及2个胶槽，搭建灌胶模型并且用两对夹子固定，在胶槽内灌入加热后的1-1。5%的琼脂糖，静待3-5分钟等待其凝固，注意清洗后要对玻璃板用专门的吸水纸进行擦拭，以免面板太脏影响灌胶，另外也要注意夹子的松紧度和琼脂糖的凝固时间，以免影响到下一步实验的进行。

②制备两块量的6%聚丙烯酰胺凝胶溶液：

注意，制作前要事先查看所用溶液的量是否足够进行实验，如果不够则要进行配制，以免连贯性的实验被打断。此外，聚丙烯酰胺凝胶溶液凝固速度相对较快，所以要控制实验的时间尽量准确、迅速，以助于实验的正常进行。两块6%聚丙烯酰胺凝胶溶液的配方如下表：

试剂 体积

6%PAGE 50ml

TEMED 50μl

APS 500μl

③用加热磁力搅拌器（JKIKA WERKR，RCT basic）将制备好的溶液搅拌混匀，注意不要开启加热模式。搅拌30秒左右即可进行灌胶，灌胶时动作要迅速且连贯，防止气泡的产生。灌完胶后插上1mm规格的梳子，并检查用于固定玻璃板的夹子是否夹紧，确认无误后将整块玻璃板枕于泡沫板上，尽量放平，然后静待聚丙烯酰胺凝胶溶液凝固（一般所需时间为30至40分钟）即可。

 (2)垂直电泳：

等到聚丙烯酰胺凝胶凝固之后，出去底部的胶槽以及玻璃板夹缝中的琼脂糖凝胶胶条，将整块玻璃板移至电泳槽上（注意：放置时一定要排净两块玻璃板之间底部的气泡，否则，模板会跑得不整齐，从而影响观察），再用大号夹子夹紧玻璃板，在电泳槽中补足加上1 × TBE缓冲液，缓缓拔下1mm齿梳。来*自-优=尔,论:文+网www.youerw.com

吸取5μl 的PCR产物（因为Mix自带蓝颜色，所以产物不需要与6×Loading buffer进行混合）进行上样，根据地区不同，在每个地区模板的首尾点上聚丙烯酰胺凝胶专用Maker来标记片段大小；设置电泳仪电压为220V，待PCR产物跑至肉眼可见与胶板内水面齐平处（实际为胶板2/3处）结束电泳，时间约为1h左右，准备进行下一步银染。