10× TE Buffer: 称取12。114 g 0。1M Tris-HCl,2。92 g 0。01M EDTA,用灭菌水定容至1 L,121 oC,灭菌15 min,保存于4 oC冰箱。
10× LiOAc: 称取65。99 g 1M LiOAc,用灭菌水定容至1 L,121 oC,灭菌15 min,保存于4 oC冰箱。
PEG-LiOAc: 10 μl体系:8 μl 50%PEG, 1 μl 10× TE Buffer, 1 μl 10× LiOAc。
1。1× TE-LiOAc: 10 ml体系:1。1 ml 10× TE Buffer, 1。1 ml 10× LiOAc, 7。8 ml去离子水。
1。2实验方法
1。2。1引物设计
从拟南芥数据库TAIR (http://www。arabidopsis。org)分别下载PLANTKAP (AT3G17340)、IMPα-3 (AT4G02150)和NPR1 (AT1G64280)的基因序列,利用Primer Premier软件设计引物,然后进行BLAST比对。在PLANTKAP和NPR1的上游引物和下游引物中分别从5’端引入EcoR Ⅰ和BamH I的酶切位点。在IMPα-3的上下游引物中分别Nde I和EcoR Ⅰ的酶切位点。具体引物序列见表1。
表 1 PCR引物序列
引物名称 引物序列(5'→3')
NPR1上 GCGAATTCATGGACACCACCATTG
NPR1下 TTGGATCCTCACCGACGACGATGA
PLANTKAP上 GAATTCATGTTCGTCGGCGACGAC
PLANTKAP下 GGATCCTTAGAGGCACTTAGAGAA
IMPα-3上 ATGCCATATGATGTCTCTCAGACCTAGCGC
IMPα-3下 GCCGGAATTCTCAAATAAAGTTGAATTGAC
注:划线部分为酶切位点
1。2。2拟南芥总RNA的提取
将经低温冻结的拟南芥幼苗整株置于用液氮预冷的研钵中,研碎,研钵提前经过高温高压消毒。在1。5 ml EP管中加1 ml的Trizol试剂及0。1 g上述研磨材料,充分混匀,冰孵5 min,4 oC,12000 g离心10 min。取上清,加入200 μl预冷的氯仿,剧烈振荡混匀,冰上静置2-3 min后,4 oC,12000 g离心15 min。再取上清,加入500 μl预冷的异丙醇,冰孵10 min,4 oC,12000 g离心10 min。弃上清,用1 ml预冷的75%的乙醇洗涤沉淀,混匀,4 oC,7500 g离心5 min。弃上清,沉淀干燥5-10 min,加入40 μl DEPC水溶解,而后取微量样品进行电泳检测,剩余样品保存于-80 oC冰箱中。
1。2。3 RT-PCR获得目的基因
以拟南芥中提取的总RNA为模板,采用TaKaRa公司的PrimeScriptTM 1st Strand cDNA Synthesis Kit (Code No。6110A)试剂盒进行cDNA第一链的合成,具体操作可参照其说明书。而后以单链cDNA为模板,采用基因特异性引物,进行常规PCR扩增,获得PLANTKAP、NPR1、IMPα-3基因。第一链cDNA合成反应液的添加量一般不超过PCR反应体系的1/10。扩增PCR反应体系(50 μl):1st Strand cDNA 2 μl,上下游引物混合物4 μl,Kodage 2× PCR Master Mix/with dye 25 μl,Nuclease-free H2O 19 μl。变性温度为94 oC,时间为30 s(初始变性时间设置为3 min),复性温度为55 oC,时间为30 s,延伸温度为72 oC,时间按1 min/1 kb换算(最终延伸时间为5 min),共进行34轮循环。
通过查询拟南芥数据库TAIR (http://www。arabidopsis。org)可知,PLANTKAP的CDS全长为3282 bp、IMPα-3的CDS全长为1596 bp和NPR1的CDS全长为1782 bp。扩增完成后,取少量样品,用1%琼脂糖凝胶电泳进行检测,目的基因条带正确,即可进行胶回收。来;自]优Y尔E论L文W网www.youerw.com +QQ752018766-
1。2。4回收PCR扩增产物
将目的基因PLANTKAP、NPR1、IMPα-3的特异性扩增条带从胶上切下后,用翼飞雪生物科技公司的琼脂糖凝胶回收试剂盒进行胶回收。在已称重的1。5 ml EP管中,加入带有目的基因条带的凝胶块,再次称量,得出凝胶块重量,然后按1:3的体积比加入的Buffer KG(0。1 g算作100 μl),50-65 oC水浴5-10 min。将完全溶解的溶胶液转移至吸附柱内,室温,12000 g,离心1 min。重复1次后,加入700 μl的Buffer KW,室温,12000 g,离心1 min。弃滤液,12000 g离心2 min。取出吸附柱放入干净的1。5 ml EP管中,加30-40 μl超纯水于吸附膜中央,室温,12000 g,离心1 min。测OD值,检验回收纯度,剩余样品可冻存于-20 oC。