从1990年以后，随着科研能力、各学术领域的高速发展，药物的设计迎来了全新的一面——合理药物设计阶段。通过不断的对分子生物学、遗传学、信息学、酶学、计算机学、生物化学等学科的专研与研究，药物设计从中也得到了不少的启发与进展，因此合理药物设计便诞生了。通过这些基本学科领域研究中揭示的受体、酶、离子通道一级核酸等潜在的药物来进行设计靶点，同时我们也要参照其类似物、类源性配体和天然产物的化学结构特性，综上条件我们才可以设计出合理药物分子以及用来选择性作用于某种靶点的新药。70963

流感核酸内切酶抑制剂

流感RNA依赖性RNA聚合酶PA亚基（PDB代码2HTU）的结构模型。 内切核酸酶活性位点使用两个二价金属阳离子来促进核酸的磷酸二酯骨架的水解切割。 关键活性部位残留物和结合袋突出显示。 口袋2被残留物Tyr24遮蔽。 二价金属阳离子显示为橙色球体，桥接氢氧根阴离子显示为红色球体。

PA亚基的N末端结构域含有内切核酸酶活性位点。生物与化学以及晶体学研究已经显示内含核酸内切酶酶含有二核金属活性位点，使用两个Mn 2+或Mg 2+阳离子（图1.2.1.1）。核酸内切酶结构域与II型限制性内切核酸酶非常相似，并且已经显示配位金属中心核酸内切酶活性位点有效抑制内切酶活性。目前没有FDA批准的内切核酸酶抑制剂，但是近年来已经报道了几类抑制剂。其中包括二酮酸，异羟肟酸，氟代酰胺衍生物，2green茶儿茶素，二羟基嘧啶酮，3,2 - 羟基吡啶酮等。其中大部分是通过大型文库的实验或计算高通量筛选（HTS）鉴定的，并且尽管合成努力很大，但仅仅只是产生了适度的抑制剂。然后最近，已经确定了一些非常有效的体外抑制剂。论文网

为了有效地鉴定新型有效的流感病毒PA内切核酸酶抑制剂，我使用翻译文献中作者所选取的设计者金属结合药效团（MBP）库进行了基于片段的药物发现（FBDD）运动。该图书馆是作为以前学者研究的扩展，由约300片段分子组成，设计用于与金属酶活性位点中发现的金属离子相互作用。从该筛选中，吡喃磺酸被鉴定为可以有效用于抑制剂发育配体的支架。通过在初始图书馆屏幕中确定的建模和SAR指导，从MBP命中阐述了适度的分子亚树。我们的金属酶聚焦FBDD方法最终导致对病毒PA内切核酸酶具有强大的体外抑制活性（IC 50 <50nM）的分子。最有效的是1-（4-（1H-四唑-5-基）苯基）-2 - （（（4-氯苯基）（甲基） - 氨基）甲基）-5-羟基吡啶-4（1H） - 一个（化合物71）被发现在酶测定中以14nM的IC 50值抑制内切核酸酶活性。 化合物71（图1.2.1.2）在EC50值为2.1μM，CC50值为280μM的Marvin-Darby犬肾（MDCK）细胞中进一步显示出对H1N1甲型流感病毒的良好抗病毒活性。 这些研究结果表明，以金属为中心的FBDD方法可以快速有效地鉴定铅样分子，特别是与使用无偏差文库或高通量筛选的FBDD进行比较时。

初步筛选MBP文库中的片段，来对流感病毒聚合酶复合物中的PA亚基进行核酸内切酶抑制。使用FRET标记的DNA寡核苷酸底物基于先前报道的方案进行筛选，并进行一点细微的修改。在浓度为200μM时，抑制浓度> 80％的化合物以50μM的浓度重新评估。编制剂量 - 反应曲线，并确定在50μM下表现> 50％抑制的片段的IC50值。该筛选鉴定了作为中等核酸内切酶活性抑制剂的噻吗康酸（1）（IC50 =22.5μM; LE = 0.79），并揭示了与羟基吡喃酮环简单修饰相关的重要结构活性趋势（表1.2.1.1）。提出的1的金属配位模式如图1.2.1.3所示。该模型基于1中的供体原子与存在于非抑制性流感病毒PA内切核酸酶的X射线结构中的晶体水分子的叠加以及吡喃酮环与其它类似物的叠加已经对核酸内切酶进行了晶体学证实的环状金属结合抑制剂。