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还有就是可以在杯芳烃骨架和桥联亚甲基上进行化学修饰；杯芳烃的骨架衍生化通常分为两个办法；一是苯酚被还原为环己烷，二是苯酚部分或全部被氧化为对苯醌这么两个不一样的办法。截至目前，桥联亚甲基的功能化及相关的应用方面报道还很少，但是，经研究发现，杯芳烃在CrO3的氧化作用下，桥联亚甲基可部分或全部氧化为酮。
由上述可以看得出，杯芳烃作为一种低聚物，它是一种构象不稳定，并且具有多反应点的化合物，因此，实验条件一旦和反应所需的条件有偏离，即使是较小的变化，也可以带来得不到目标产物的结果，或者是副产物太多，导致反应无法再继续进行。因此，出于这些考虑，对于设计杯芳烃主体化合物的研究者来说将是一项艰巨而富有挑战性的工作，如何优化实验路径、更好有效地控制实验过程的反应条件，高效率地将有特殊结构的官能团选择性地连接到杯芳烃上都是需要大量地研究和验证的。
1.3 杯芳烃衍生物的应用
近年来，对杯芳烃的研究越来越多，越来越深入；由于杯芳烃的上下缘易于修饰以及空腔可以调节，这就使得科学家们可以用不同的方法引入各种不同的功能化基团，得到多种不同的杯芳烃衍生物，进而来研究杯芳烃的一些性质的应用。然而，这些研究为杯芳烃在超分子化学和材料化学等方面的应用做出了重要的贡献，杯[4]芳烃和它的衍生物在相转移催化剂、分子离子识别[5]，液膜分离、超分子的催化、以及萃取回收金属离子等众多领域有了很大范围的应用。