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紫外光能够抑制铜绿微囊藻的生长，所以夏季强光照射下，蓝藻一般均生长于表层水以下[18]。
与温度和光照不同，水体中的pH值与浮游藻类存在着一个动态的关系。即pH值可以影响浮游藻类的生长，反过来浮游藻类也能改变水体的pH值。
此外营养盐对铜绿微囊藻的生长也有相当影响：氮源是藻类生长不可缺少的营养元素；磷被认为是浮游植物生长的收腰限制因子；不同的氮磷比不仅会对藻类细胞的生长速度造成影响，对细胞内物质的合成积累也有影响。微量元素如Fe、Cu、Zn等也是其生长所需，虽然需要的量少，但其在文持藻类正常的生理生化功能上起着重要的作用。
铁作为浮游植物生长的限制因子,不仅表现在开放式大洋中,在湖泊中也存在。目前的研究大多侧重于海水中的铁对浮游植物生长的影响,以及铁对海洋浮游植物的增殖和群落组成的影响等。有关铁对湖泊中浮游植物的影响却很少关注。但自从Martin 和Fitzwater 报道了铁限制造成富含氮、磷的亚寒带北太平洋地区表面的大洋水体浮游植物生物量很低的现象后,铁对赤潮藻生理生态的影响逐渐引起了人们的重视。
张树林等报道，Cu2+对铜绿微囊藻的抑制效应随Cu2+质量浓度的增加而增强，质量浓度为0.3～1.2 mg•L-1 的Cu2+对铜绿微囊藻生长的抑制作用不显著，48 h后出现藻细胞密度反弹现象。质量浓度为1.5mg/L 的Cu2+对铜绿微囊藻细胞产生很强的毒性，可有效抑制铜绿微囊藻生长，96 h 时杀藻率高达97.4%，叶绿素a含量抑制率达87.7%，光合放氧明显降低， 抑制率达83.3%， 呼吸耗氧明显增强。Zhong等分别用0.25mg•L-1的CuSO4处理单细胞和群体铜绿微囊藻24 h。
除了上述几种因子外，影响铜绿微囊藻生长和生理特性的环境因子还很多，例如有机物、水生生物、稀土元素和溶解氧等。而这些环境因子是综合作用于自然界的铜绿微囊藻，各因子之间对铜绿微囊藻的生长和生理特性的影响既有协同作用，又有拮抗作用。
1.4.3 铜绿微囊藻毒素的产生
铜绿微囊藻大量出现时，水体一般呈蓝色或绿色，水面被厚厚的蓝绿色湖靛所覆盖，被风吹到岸边堆积，不但会发出恶臭，且含毒素的蓝藻细胞在水体中漂游，当与某些悬浮物络合沉淀，或被养殖对象捕食后随其排泄物沉淀，在鱼池池底富集，对无公害水产品生产会带来巨大的负面影响。
在许多富营养化水体中，由于蓝藻的增殖，常常会形成大量的水华，这不但影响水质，且在某些时期具毒性。蓝藻的毒素是细胞内毒素，当细胞腐败裂解后，毒素被释放到水体中。野生动物、家畜及家禽饮用了含有毒藻及藻毒的水后，会引起中毒甚至死亡，人饮用后也会出现中毒现象，尽管到目前为止，尚无因有毒水华而引起人中毒死亡的报道，但当作为饮用水源的湖泊、水库和河流中出现蓝藻水华时，则应引起注意。
以铜绿微囊藻为优势种的水华频繁暴发，一方面使湖泊生物多样性下降；另一方面，铜绿微囊藻能产生对生物有毒害作用的微囊藻毒素。蓝藻中死亡个体分解会产生微囊藻毒素。铜绿微囊藻毒素是一种肝毒素，它是肝癌的强烈促癌剂。微囊藻毒素量多时可直接造成养殖对象中毒死亡；或者即使数量少，也可通过食物链积累效应危害养殖对象，直至危害人体。对于人类健康，微囊藻毒素具有很大危害性。其中MC-LR的半致死剂量( LD50 )约为50~100 μg/kg。人们在洗澡、游泳及其他水上休闲和运动时，皮肤接触含藻毒素水体可引起敏感部位（如眼睛）和皮肤过敏；少量喝入可引起急性肠胃炎；长期饮用则可能引发肝癌[19]。医学部门已发现饮水中微量微囊藻毒素与人群中原发性肝癌的发病率有很大相关性。
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