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自治性。上文提到过，非营利组织的日常运作是独立的，，这就是说在不与法律背道而驰的情况下，非营利组织可以根据自己的意志处理一些运作与日常管理及规划而不受政府的干预。正因为这种独立，非营利组织才能更好地实现自身价值，才能更接近于民众，真正做到为民谋福利，而民众也会更加信任和支持不受政府干预的组织，这也给予了组织很大的便利去缓和社会矛盾，促进社会发展。然而，因为我国的非营利组织与外国天差地别，政府的在组织的发展中还是扮演了重要的角色。由于我国许多非营利组织都是从政府部门演化形成的，因为企业等营利组织政府和的制约，许多非营利组织身上都或多或少具有政治色彩。
自愿性。非营利组织和营利组织有一个非常重要而且明显的不同就是非营利组织有志愿者的参与。他们参与组织的运作与活动，为社会大众的福利献出自己的一份力量，但都是从个人意愿出发，并不求任何物质回报。非营利组织的组织目标的实现是由组织人员自发性参与的结果。参与与否完全取决于个人意愿，完全不具备强制性。大多数非营利组织的组织使命都是带有公益色彩的事业，比如环保、慈善、社会服务等，志愿者因为个人价值观和奉献精神与使命感而聚在一起从事服务，全身心投入，这是义务而高尚的。
以上几点便是非营利组织普遍具有的特性。在现实当中，这几种特性是之间是互相支持互相联系的，正因为具备了这几种特性，非营利组织才能实现有效的运作。
2.3 非营利组织的分类
联合国国际标准产业分类体系给非营利组织作了具体分类，它们将非营利组织分成了3个大类，分别是教育、医疗和社会工作、其他社区服务和个人服务。而欧共体将其分为了5个大类，分别是教育、研究与开发、医疗与卫生、其他公众服务、休闲与文化。