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2、食品安全标准体系不完善。我国有食品质量标准近3000个，而与流通有关的标准仅有100余个，相比于生产和加工标准数量差距甚大保障流通过程的食品安全标准严重不足。从而导致对现有的食品安全标准进行检查比较困难，难以建立食品安全管理体系和良好的生产行为制造业惯例和分销业规范。
3、食品流通检测体系不健全。一些食品批发市场缺乏有效的安全检测手段和质量控制措施.使造假者有机可乘甚至成为假冒伪劣食品集散地。一些经营企业贪图私利，蓄意出售过期或变质食品现象屡禁不止。不法食品生产经营者时常伪造标识滥用标识欺骗和误导消费者。有关资料显示，全国5万多家食品零售企业中建立检测中心的不足1%，全国2.6万家农贸市场配有垃圾处理设备的不足1‰.消费者对任何一类食品安全性的信任度均低于50%。
4、食品安全监管体系不完善。现行的食品安全监管职能包括农业卫生、工商、质监、商务、畜牧水产、海关等多个政府部门多头管理，没有一个统一的监测机制容易出现各部门之间沟通渠道不畅信息难以共享，部门职责交叉甚至出现模糊或真空地带，这样导致食品安全“都管但都管不好”的局面。
5、消费者的食品安全意识不强。总的说来，全社会对食品安全的理解程度参差不齐，加上宣传力度不大，导致消费者的食品安全意识还不够，特别是农村和城乡接合部的群众食品安全意识更是缺乏，因此食品安全隐患无处不在，务必引起全社会的广泛关注。
6、食品安全法律体系不完善。商品流通过程中的法律条款仍相对粗疏目前与食品安全相关的法律主要有《食品卫生法》、《产品质量法》和《消费者权益保护法》等，但这些都不能保护从“农田到餐桌”全过程的食品安全，不能适应当今食品安全形势的发展需要，食品安全管理主要还是靠行政管理。
因此，食品安全监管工作任重道远，需要深入研究监管规律，完善监管体系和政策法规，加强各相关部门的协作配合，落实地方政府的责任，整合食品安全监管资源，不断创新监管方式。