在此期间，虽然借助经济发展，农村信用合作社取得长足进步，但是农村信用合作社仍然没有走上独立道路。[18]合作制也未能在商业化经营之中成长，反而有消沉趋势。

1996年国务院对于农村金融体制的改革决定，最终农村信用合作社才终于脱离于农业银行的关系。[19]虽然自1996年来，农村信用合作社与农业银行实际上已经脱离了关系。但是随着农业银行的重心开始向城市倾斜，农村信用合作社实际上却成了扎根于农村的规模最大的一家农村合作金融组织，看似得到了足够的权利，但是实际上，只是单纯的背起了过重的责任。[20]

根据2001年的数据，农村信用合作社发放了整个金融机构农业贷款的78%，农户贷款更是以龙头老大的身份占金融机构农户贷款的95%以上。但是在这光鲜的表面，却是其他金融机构对农村投入的减少。随着改革开放，所有的金融机构都将目光聚焦在了长三角和珠三角两个地方。在2000年中国加入WTO之后，还要面临着国外的金融冲击，农村信用合作社的压力徒然增大。到2000年底的乡镇企业和其他贷款更是高达6822亿元。 

鉴于这一实际问题，国家有关部门多次下发文件，对农村信用合作社进行整改。要求农村信用合作社能够因地制宜，根据当地的经济发展水平来寻找自身的新组织形式，完善机制和体制，加强管理。 2003年6月与2004年，国务院有下发了农村信用合社的改革方案。从2009年开始，国家又开始推动股份制改革，构建县级农村商业银行阶段。代表性的事件就是2010年12月16日，重庆农商行在香港成功上市。但是与这个值得喜庆的事件相反，农村信用合作社（农商行)，负债资产首次超过10万亿元。来!自~优尔论-文|网www.youerw.com

近年来，国家虽然鼓励农村信用合作社改组转变成为农商行，并且取消农村信用合作社原有的资格股，现在已组成数百家农商行，但是奈何时间太短，这点改变并不能够带来什么立马见到的效益，反而是过去的问题一直阻挠着农村信用合作社（农商行）前进的步伐。近年来有关农村信用合作社的政策一直很稳，没有任何大的变化。但是随着新农村建设的进行，农村对资金的需求再一次的扩大。

随着经济发展，国家政策支持，农村信用合作社的发展走上了正轨，但是因为历史问题，实力问题还有国家大政策等问题的原因。发展受限的农业合作社已经难以扛起农村发展的大旗，农村信用合作社所需要的根本性的改变已经是势在必行的