表1-1 前期研究Pd-bd1候选基因预测结果
Table 3-1 Information of Pd-bd1candidate genes
编号
No.    LOC 名称
LOC Name    Os 名称
Os Name    CDS位置
CDS position    预测蛋白功能
Prediction function
P1    LOC_Os11g45950    Os11g0686700    27804967 - 27804177    包含NAC结构域的蛋白,表达的蛋白
NAC domain-containing protein , putative, expressed
P2    LOC_Os11g45960    --    27806906 - 27807244    表达的蛋白
expressed protein
P3    LOC_Os11g45970    Os11g0686900    27818431 - 27812251    NBS-LRR抗病蛋白,表达的蛋白NBS-LRR type disease resistance protein, putative, expressed
P4    LOC_Os11g45980    -    27820309 - 27824920    NBS-LRR抗病蛋白,表达的蛋白NBS-LRR type disease resistance protein, putative, expressed
P5    LOC_Os11g45990    Os11g0687100    27828621 - 27835246    包含von Willebrand factor type A机构与的蛋白,表达的蛋白von Willebrand factor type A domain containing protein, putative, expressed
P6    LOC_Os11g46010    -    27853464 - 27850492    反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P7    LOC_Os11g46020    -    27858940 - 27856388    反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P8    LOC_Os11g46030    -    27860676 - 27863583    反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P9    LOC_Os11g46040    -    27870027 - 27864547    反转录转座子蛋白
retrotransposon protein
P10    LOC_Os11g46050    Os11g0687500    27870674 - 278716    表达的蛋白
expressed protein

本研究根据日本晴的基因组参考序列对4个候选基因(P1、P2、P3和P4)设计引物(由于时间原因尚未完成另外两个表达蛋白P5和P10的研究)。通过聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)克隆苏御糯和薄稻中P1-P4的序列,并比较其核苷酸和氨基酸序列的差异。
1. 材料与方法
1.1 植物材料
太湖流域高抗稻瘟病地方品种薄稻;感病品种苏御糯。水稻品种均由实验室提供。
1.2 利用CTAB法提取水稻总DNA
首先根据下表配置CTAB溶液:

表1-2 2% CTAB缓冲液(50ml)
Table1-2 2% CTAB Buffer Solution (50ml)
试剂名称
Reagent Name    终浓度
Ultimate Concentration    用量
Dosage
CTAB    2%    1 g
NaCl    1.4 mol/L    4.09 g
PVP    2%    1 g
0.5M/L EDTA(PH 7.5)    20 nmol/L    2 mL
1M/L Tris-Hcl(PH 8.0)    100 mmol/L    5 mL
加ddH2O到50 ml。

(1)植物样品:把植物样品用液氮研磨,吸取1000 ul裂解液至2.0 ml EP管里, 裂解液中加入20 ul的β-巯基乙醇。把研磨好的样品约100 mg加入裂解液中,65度水浴40 min,期间每隔10 min颠倒混匀一次,以使样品充分裂解。
(2)取上清至新的2.0 ml EP管中,加等体积(约900 ul)的酚(Ph8.0):氯仿:异戊醇(25:24:1),颠倒混匀,12000 rpm离心10 min。
(3)取上清至新的1.5 ml EP管中,加等体积(约 800 ul)的氯仿:异戊醇(24:1), 颠倒混匀,12000 rpm离心10 min。
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