3。3。2 菌落形态及菌株显微观察
在LB固体培养基平板上划线接种,放入恒温箱37℃培养24h,观察菌落形态。用接种针在平板上挑取少许降解菌,放到事先滴有水的载波片上烤干,简单染色后用油镜观察。
3。3。3 菌株16S rDNA的扩增与序列分析文献综述
采取SDS高盐沉淀法提取菌体总DNA。挑取LB平板上的单菌落,接至100mL的LB液体培养基中扩大培养。离心收集菌体,加等体积的TEN洗涤菌体,离心收集菌体,悬浮于10mL TE中,加入100μl溶菌酶(100mg/ml),37℃水浴1h,加入40μl蛋白酶K(20mg/ml),再加入300μl 20%的SDS,37℃水浴过夜(约12h)。加入1/2体积饱和NaCl剧烈振荡,12000 g离心10min,上清用等体积酚:氯仿抽提2次,12000 g离心10min,收集上清,加入等体积TE(稀释调整NaCl浓度),0。6倍体积异丙醇沉淀,12000 g离心15 min,70%乙醇洗涤沉淀,乙醇挥发后溶于100μl TE中。
以纯化后的DNA为模板,采用细菌16SrDNA序列的通用引物:5'-CAGAGTTTGATCCTGGCT-3',下游5'-AGGAGGTGATCCAGCCGCA-3',进行PCR扩增。PCR反应体系25μL,其中10 x PCR Buffer 2。5μL,dNTP 2。0μL上、下游引物各0。5μL,菌株DNA1。0 μL Tag DNA聚合酶0。 5 μL其余为ddH2O,反应条件:94℃变性3 min ;94℃变性50s,55℃复性50s,72℃延伸1。 5 min,共30个循环;72℃延伸10 min。PCR扩增产物送往上海生工生物工程有限公司进行测序。
3。3。4 菌株的系统进化分析
在进行系统发育分析时,将AO7-2的16S rDNA全序列在GenBank中进行BLAST分析,来确定AO7-2的系统分类地位。并从GenBank中调取与菌株AO7-2亲缘关系相近的多个16S rDNA序列进行排列,然后把这些序列导入到MEGA5。0,应用MEGA5。0软件进行系统发育分析,邻位相连法构建进化树。