摘要：RNA结合蛋白是一类含有核糖核酸结合结构域的蛋白，几乎所有的RBPs都含有一段高度保守的RNA识别基序(RRM)。RNA结合蛋白参与植物的生长、发育和胁迫过程。本次研究共鉴定44个甘薯RBPs且根据它们的保守结构域分成五个亚群，每个亚群都含有特定的结构域，并在其基础上进行磷酸化位点分析。同时，对甘薯RBPs进行蛋白序列比对以构建发育树，进一步了解它们的亲缘关系，从而研究RNA结合蛋白在甘薯生长、发育和胁迫过程中的功能并为最终培育RNA结合蛋白转基因甘薯奠定理论基础。74920

毕业论文关键词：甘薯、RNA结合蛋白、结构域预测、系统发育分析

Prediction of RNA binding proteins in sweet potato with bioinformatics

Abstract: RNA binding protein is a kind of protein which contains RNA binding domain, and almost all of the RBPs contain a highly conserved RNA recognition motif (RRM)。 RNA binding proteins are involved in plant growth, development and stress responses 。 In this study, a total of 44 sweet potato RBPs were identified and pided into five subgroups according to their conserved domains, each subgroup contains a specific domain, and the phosphorylation sites are analyzed 。 At the same time, sequence alignment of sweet potato RNA binding proteins was conducted in order to construct the phylogenetic tree and understand their genetic relationship。 Therefore, this study helps us further discuss the function of RNA binding proteins during growth, development, and stress responses in sweet patato, and lay the theoretical foundation for the final cultivation of RNA binding protein transgenic sweet potato。

Keywords: sweet potato, RNA binding proteins, motif prediction, phylogenetic analysis

目录

引言 1

1。综述 1

1。1 RBPs的结构特点 1

1。2 RBPs在植物生长发育中的功能 3

1。3 RBPs在非生物胁迫中的功能 4

1。4 RBPs作为RNA分子伴侣的的功能 5

2。材料与方法 6

2。1甘薯RBPs的鉴定 6

2。1。1亚细胞定位 6

2。1。2分子量及蛋白质长度 6

2。1。3等电点 6

2。2结构域和保守序列分析 6

2。3甘薯RBPs的磷酸化位点分析 6

2。4系统发育树的构建 7

3。结果与分析 7

3。1甘薯RBPs 7

3。2甘薯RBPs的基因结构 9

3。3甘薯RBPs的亲缘关系 10

3。4 甘薯RBPs的结构域预测 12

3。5。甘薯RBPs的磷酸化位点预测 14

3。6。甘薯，拟南芥，水稻和小麦的RBPs的进化关系 15

4。讨论 17

致谢 18

参考文献 18

引言

    甘薯又称红薯或白薯，是一种重要的蔬菜来源，除了作为食用和饲用外，还可以加工成淀粉、制糖及一些工业原料。我国是世界上最大的甘薯生产国，根据世界粮农组织统计数据，近五年的甘薯种植面积占世界甘薯种植面积的54。0 %，年平均产量占世界甘薯总产量的81。8%。在我国，甘薯栽培面积仅次于水稻、小麦和玉米，其产量居第四位。甘薯增产潜力较大，在良好的栽培条件下，能够大面积获得高产。此外，甘薯适应性强，抗旱、耐瘠，即使在土质差、施肥水平低的情况下，也能获得亩产1000公斤以上。对甘薯而言，基因表达的转录后调控对其生长、发育和抗逆性至关重要，基因表达的转录后调控包括多个过程，如前体-mRNA的剪切、编辑、运输、降解和翻译等，而RNA结合蛋白正是参与这些复杂过程的一种关键蛋白。RNA结合蛋白是一类含有核糖核酸结合结构域的蛋白，广泛存在于细菌、植物和动物中，是一类在生物进化过程中的保守蛋白，它通过与核糖核酸相互作用形成核糖核蛋白复合体，直接或间接的参与了这些过程。论文网