人SEPT 9蛋白序列特性和结构建模研究(4)
表1 人SEPT 9蛋白分类结果
Table 1 Classification results of SEPT 9 protein
类 别 蛋白质ID号 氨基酸长度
常规SEPT9 gi|164698502
gi|164698504
gi|530411379
gi|119609870 474
335
362
247
MCLC- SEPT9蛋白 gi|164698494
gi|164698498
gi|116256489
gi|90651998 586
579
568
341
TrbI-SEPT9蛋白 gi|578830271 422
图1 人SEPT 9蛋白的氨基酸序列的进化树
Figure 1 Phylogentic tree of SEPT 9 protein in Homo sapiens
图2 人SEPT9蛋白的保守结构域分析
Figure 2 Conservative structure domain analysis of SEPT9 protein
注：A代表 septin-9 isoform a B代表 septin-9 isoform d C 代表septin-9 isoform x6
2.2人SEPT 9蛋白理化性质分析
从三类SEPT9蛋白序列中选取3条，利用Protparam工具分析该基因产物的基本理化性质，结果表明，gi|164698494蛋白质分子式为C2853H4633N835O883S20，理论等电点是9.06，相对分子质量是65401.4，共含有20中基本氨基酸，其中含量最多的是Glu(9.2%)、ser(8.2%)和pro(8.2%)，最低的是Cys(0.9%)和Trp(0.3%)，不含有稀有氨基酸，带负电残基79个（13.48%，包括Asp和Glu），带正电残基为88个,（15.02%，包括Arg和Lys）；该蛋白质水溶液吸光系数为24660，不稳定系数为63.48，平均总亲水性（Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.663。
gi|164698502蛋白质分子式为C2306H3691N671O704S26，分子量为52913.3，理论等电点（pI）为7.14，共含有20种基本氨基酸组成含有20种基本氨基酸，含量最高的是Gly (9.3%）和Glu（8.4%），含量最低的是Trp (1.1%) 和Tyr (1.7%)，带负电荷残基64个（13.50%，包括Asp，Glu），带正电荷的残基54个（13.50%，包括Arg和Lys），该蛋白质水溶液吸光系数为40170，不稳定系数为48.52，平均总亲水性（Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.508。
gi|578830271蛋白质分子式为C2087H3349N585O641S18，分子量为47501.2，理论等电点（pI）为6.08，共含有20种基本氨基酸组成含有20种基本氨基酸，含量最高的是Glu (9.7%）和Pro（8.1%），含量最低的是Trp (0.5%) 和cys (1.2%)，带负电荷残基62个（14.7%，包括Asp，Glu），带正电荷的残基57个（13.5%，包括Arg，Lys和His），该蛋白质水溶液吸光系数为23170，不稳定系数为57.30，平均总亲水性（Grand average of hydropathicity (GRAVY) 为-0.580。结果表明以上三种蛋白均为不稳定蛋白，总体上亲水性和疏水性比较平衡，蛋白中Glu含量高，而Trp含量较低，这可能与其功能有关。
表2 三种人SEPT9蛋白的理化性质分析
Table 2 The physical and chemical properties analysis of SEPT9 protein
序列号 MW PI值 分子式 含量最多
的AA 含量最少的AA 带负电残基数 带正电残基数
gi|164698494 65401.4 9.06 C2853H4633N835O883S20 Glu(9.2%)
ser(8.2%)
pro(8.2%) Cys(0.9%)
Trp(0.3%) 79 88
gi|164698502 52913.3 7.14 C2306H3691N671O704S26 Gly(9.3%)
Glu(8.4%) Trp (1.1%)
Tyr (1.7%) 64 54
gi|578830271 47501.2 6.08 C2087H3349N585O641S18 Glu(9.7%)
Pro(8.1%) Trp (0.5%) 62 57
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