摘要：本课题从河蚬转录组 cDNA 文库测序获得的 EST 序列中，选取了 30 条微卫星序列，其 中三碱基重复序列 22 条，四碱基重复序列 6 条，五碱基重复序列 2 条，并进行了这些序列的 微卫星引物设计与合成及多态性检测和分析。通过扩增效果检测，发现 30 个微卫星标记中有 29 个可扩增出稳定条带，扩增成功率达到 96。7%；有 25 个标记表现出多态性，多态率为 83。3%。 随机选取其中 8 个标记在一个河蚬测试群体中进行了多态性分析，结果表明，8 个位点的期望 杂合度介于 0。88 至 0。98 之间，观测杂合度从 0。84-1。00 不等，其中有 6 个位点偏离了哈迪- 温伯格平衡，可能由于这些位点存在零等位基因所致。本研究开发的河蚬多态性微卫星标记， 将为河蚬的群体遗传结构分析、种质资源保护及遗传图谱构建等研究提供重要的分子标记来 源。75622

毕业论文关键词：河蚬，微卫星，表达标签序列，遗传多样性

Abstract: In this present study, a total of 30 microsatellite sequences including 22 tri-, 6 tetra- and 2 penta-nucleotid repeat ones with more than 7 repeat motifs were selected from transcriptome EST sequence based on a cDNA libary of Corbicula fluminea。 Primers of the 30 microsatellites were designed and polymorphisms were characterized in a test population with 30 inpiduals。 Through the amplification test, 29 of the 30 loci could amplify clear and stable bands, with a success rate of 96。7%。 In addition, 25 loci showed polymorphic characters with a polymorphic rate of 83。3%。 Eight polymorphic markers were randomly selected and characterized in the test population。 The results showed that, for these eight microsatellites, the expected heterozygosity ranged from 0。88-0。98, and the observed heterozygosity were from 0。84-1。00, meanwhile, six loci deviated from Hardy-Weinberg equilibrium which may be caused by the existence of null alleles。 The polymorphic microsatellite markers developed in this study will be useful for future studies on population genetic persity analyses, genetic resource protection and linkage map construction of C。 fluminea。

Keywords: Asian clam (Corbicula fluminea), Microsatellite, Expressed sequence tag, Genetic persity

1 引言 5

2 材料与方法 5

2。1 材料 6

2。2 微卫星位点查找及引物设计 6

2。3 河蚬基因组 DNA 的提取 6

2。4PCR 扩增筛选多态性引物 7

2。4。1 PCR 扩增体系 7

2。4。2 PAGE 胶的配制及电泳分析 8

3 结果 8

3。1 EST 微卫星序列筛选 8

3。2 EST 微卫星引物设计及多态性引物的筛选 8

3。3 数据统计与分析 11

3。4 讨论 12

结论 14

参考文献 15

致 谢 16

1 引言

微卫星序列最早是 Skinner 等(1974)在寄居蟹中发现的，指的是由 1-6 个核苷酸的串联 重复片段构成的(如 AC、CCA、GATA 等)广泛分布于真核生物基因组中的简单重复序列。其每 单元长度在 1-10bp 之间，由于微卫星具有多态性丰富，易于检测等优点，故而被广泛应用于 分子标记中。微卫星标记用于水产动物的育种研究主要在 2 个方面，一是用微卫星分析群体、 家系和个体的遗传差异，利用这些差异计算出群体间、家系间和个体间的遗传距离，再结合 表型确定亲本配组方案，达到既优选出表型，又避免近亲交配的目的；二是依据 QTL 等性状 分析结果，利用与性状相关的微卫星等标记或基因来筛选出性状优良的个体，再从优秀个体 建立品种或品系。EST 是从一个随机选择的 cDNA 克隆进行 5’端和 3’端单一次测序获得的短 的 cDNA 部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从 20 到 7000bp 不 等，平均长度为 360±120bp。EST 来源于一定环境下一个组织总 mRNA 所构建的 cDNA 文库， 因此 EST 也能说明该组织中各基因的表达水平。论文网