在新疆回族发展史中清代是非常重要的一个阶段，乾隆二十年至二十四年(1755-1959年)清朝平息了准噶尔部和大小和卓叛乱，统一了天山南北。清政府为了更加有效的管理新疆，统治者便实施了屯垦和“移民实边”的政策，把陕甘回民有组织地、大规模地集体迁徙到新疆。乾隆二十四年(1759)，为巩固边防、解决当地驻军食粮问题及做好被遣散士兵善后工作，清政府沿袭了历朝的屯垦戍边政策，在天山南北进行大规模屯田，《新疆图志》卷三二记载=载:乾隆四十四年(1779),新疆屯兵人数1万2000余人，其中乌鲁木齐屯区最大，屯兵3195名。伊犁次之，2500名。玛纳斯再次之1400名。南路屯区有哈密、吐鲁番、乌什、喀喇沙尔、阿克苏，屯数少且规模小，合计一千数百人，呈北重南轻分布。  其中与回族有关的主要是兵屯、户屯和遣屯。

据《钦定回疆图志》所载，在新疆屯垦的回回兵大多是从陕、甘两省来的，因为这两处干旱多灾，政府鼓励他们到新疆户屯，这两处本就是回民聚集地，因此所招募的士兵大多均是回族。如驻守天山南路的绿营兵大多是“均系中原之人”的回族士兵，他们不但作战勇猛，而且勤劳俭朴，深得当地官吏的称赞:“每多用之，深得其力，奏保翎顶者不少”。 

户屯又被称为“民屯”，主要是迁居新疆从事垦植的内地人民。清政府为解决新疆劳动力严重不足，分散内地回民势力，从回民较为集中的陕甘宁等地组织大规模移民，因此移民中回民占绝大多数。到19世纪60年代，回族在新疆人口总数中占有相当比重。“整个的县城，如玛纳斯县，居民一色是东干人，就连当时作为大行政中心的乌鲁木齐城里，东干人也比汉族人、满族人多，而在伊犁河谷更多”。 

另外还有被作为“遣犯”流放新疆屯田的回族。乾隆二十三年(1758年)，清朝政府为了配合新疆兴垦的需求，决定将内地军流人犯发配新疆。当年遣屯也称犯屯拨于托克逊、喀喇沙尔两屯人数500人。 乾隆三十一年(1766年)，乌鲁木齐种地的遣犯人数为1219名，同年经甘肃押送新疆的遣犯及家属多至1600余人。 又同年至乾隆四十八年(1766年一1786年)收容了伊犁的遣犯“积有三千数百余名”。如乾隆四十二年(1777)因王伏林一案，遭受牵连的人及家属被遣送新疆。 乾隆四十六年(1781)，哲合林耶穆斯林起义失败后，大批起义回民家属被流放到新疆伊犁。 

（三）、从阿拉伯、中亚地区来华经商以及来自陕甘等内地的回回商人，也大批定居新疆。回族历来擅长经商贸易。明洪武十四年(1381)“哈密里回回阿老瓦丁来朝贡马”。 永乐三年(1405)又有“火州回回满刺乞牙木丁等来朝贡马，赐钞币、袭衣”。 五年(1407)敕甘肃总兵官西丁候宋晨曰:“。。。比年回回来经商者，凉州诸处军士多遣送出境，又有留居别失八里、哈喇火州处” 随着清代陕甘回民大量徙居新疆，回民商贩也开始活跃于天山南北各地。文献综述

在乾隆二十一年(1756)随清军赶大营来疆经商的就有八家回族，他们留居昌吉，成为昌吉地区最早的回民商户。 乾隆二十八年(1763)，阜康筑城后亦迁入十五户回族，从事饮食服务行业和经商活动，为当地商业的发展打下了基础。 这些回族商人还大量地迁往南疆“在那里开饭馆和贩茶叶为生”， 商品百货“负担荤载，交错于道路”， 有的还与当地妇女结婚，与维吾尔人建立了密切的关系。

（四）、回民起义失败后，大批回民被流放或退至新疆。早在清顺治五年(1648)，就有甘肃回族丁国栋和米喇印的反清起义，并拥哈密的土伦泰为王，兵败后，“其余党逃散四方，或归西域，或为夷部” ，乾隆四十六年(1781)，苏四十三、田五起义失败后，大批起义回民家属被发配到新疆伊犁。 同治十二年(1873)陕甘回民起义失败后，起义回民在清军的追击下逃入新疆各地，其中首领白彦虎所率军队及家属一万多人，一部分留寓新疆，一部分与白彦虎逃至中亚。光绪二十三年(1897)，青海河惶回民起义失败后，被清政府安置在罗布淖儿的便有6 000余人。