RNA浓度的测定:取1 μl的RNA样品稀释至100 μl的DEPC水中,混合均匀后,在分光光度计上读取A260的数值。每个样品重复三次,取平均值。则RNA浓度=A260×4。0 μg/μl。
1。2。3 第一链cDNA合成
取2 μg总RNA用于cDNA合成,首先配置反应体系如下:
Components Volume
Total RNA ( 2 μg ) x μl
Oligo dT18 ( 0。2 μg/μl ) 1 μ
RNase-free ddH2O up to 12 μl
将配置好的混合物混匀后,离心短暂时间,置于70℃变性5 min,后冰浴30 s,短暂离心。在处理过的混合物中依次加入以下物质:
Components Volume
5×Reaction Buffer 4 μl
RNase inhibitor ( 20 U/μl ) 1 μl
dNTPs ( 10 mmol/L ) 2 μl
AMV RT ( 10 U/μl ) 2 μl
轻轻混匀后,置于PCR仪上,设置好逆转录反应的程序::42℃,45 min;95℃,5 min;4℃,+∞。反应结束后,稀释一定倍数后备用。
1。2。4 RT-PCR(Semi-quantitative RT-PCR)
PCR反应体系内容和加样量如下:
Components Volume
2×Reaction Buffer 10 μl
Forward Primer(10 μmol/L) 1 μl
Forward Primer(10 μmol/L) 1 μl
cDNA x μl
ddH2O (8-x) μl
充分混匀并短暂离心后,置于已设置好扩增程序的PCR仪上反应。
1。2。5琼脂糖凝胶电泳
根据DNA样品片段大小配置适宜浓度的琼脂糖凝胶(利用电子天平准确称量琼脂糖,加入到TAE电泳缓冲液中,并加热熔化),冷却至60℃左右,加入少许溴化乙锭(Ethidium bromide, EB)使其最终浓度为0。5 μg/mL,轻轻摇晃以充分混匀,倒入冲洗干净制胶模具中,待其完全凝固,约15-30 min。等到凝胶完全凝结后,小心垂直拔出梳子,将其放入电泳槽内,然后向槽中倒入电泳缓冲液,至其没过胶面1 mm为宜。将混匀有loading buffer的DNA样品和核酸分子量标准Marker用枪小心注入到凝胶加样孔内,接通电源,红色为正极,黑色为负极(DNA样品是由负极往正极泳动),一般110 V 电压,电泳25 min。电泳完毕后,先关闭电源,再在凝胶成像仪上并进行分析。来*自-优=尔,论:文+网www.youerw.com
琼脂糖凝胶浓度与线性DNA的最佳分辨范围
琼脂糖凝胶浓度 线性DNA的最佳分辨范围(bp)
0。5% 1,000 ~ 30,000
0。7% 800 ~ 12,000
1。0% 500 ~ 10,000
1。2% 400 ~ 7,000
1。5% 200 ~ 3,000
2。0% 50 ~ 2,000
1。2。6 扩增得到的Egr-1基因连接到pMD18-T载体
先用20 μmol/L的姜黄素处理HepG-2细胞3 h,然后提取其总RNA,逆转录成cDNA,对PCR扩增获得的Egr-1 基因的CDS 区进行琼脂糖凝胶电泳检测,检测正确后,切胶回收目的片段。为提高克隆的效率,利用Taq聚合酶具有末端转移酶(TdT)活性,在目的基因的3' 端加上一个非模板依赖碱基“A”,即经TA克隆构建pMD18-Egr-1 重组载体,将载体转化大肠杆菌并小提质粒,以获取pMD18-Egr-1质粒。