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由于贫困而不能参合，不能参合导致因病致贫的恶性循环，也是新农合的的创立目的和需要解决的问题。新农合对缓解因病致贫有一定的作用，但是缓解因病致贫的能力没有达到预期效果，新农合的主要保障目标定位于“保大病”，即“大病统筹”。一定程度上起到鼓励治“大病”的作用，轻视了农民的基本卫生需求。在农民的现实生活中，真正影响她们健康和生活的是普通病、常见病、多发病等等小病和慢性病，很多农村居民的大病也是因为小病无钱治而形成的。一是门诊就医受益扩面难，在大病统筹兼顾门诊受益的制度框架下，补偿方案重点解决大病就医统筹问题，用于门诊治疗和购买药物的资金有限，且村级服务能力不足，难以满足参合农民基本医疗需求；二是慢性疾病受益小，受病种和补偿额度限制，新农合对众多慢性病的医疗补助少，不能解决长期持续的用药负担；三是住院补偿受益低，制度设计中对大病补偿有各种条款限制，设有起付线和封顶线，就医医疗机构级别越高，补偿比例越少，再扣除大量的保外医药费用，造成参合农民住院医疗机构层次越高医药费用越贵，而获得实际补偿比例越低的现象；四是外出务工受益小，县级统筹下大量政策具有本地适用性，大量外出务工人员难以享受到制度益处。
有的农民现实心理较强，交了参合费但没得过病，觉得吃亏，下一年就不愿意再交钱。
（四） 经办机构管理服务能力较弱
贵州省卫生厅副厅长张光奇说，贵州大多数合医经办管理机构组建于新农合启动之初，由于当时无政策规定，至今各级经办机构尤其是县 、乡两级存在编制不健全、人员属性待遇不明确、人员素质参差不齐、工作经费相对不足等问题，而随着工作量日益加大，各级经办机构人员不堪重负，在加强监管（特别是村级卫生室和民营医疗机构）确保基金安全运行上更显力不从心。
一是乡镇卫生院基础设施建设落后，业务运行不足，医疗设备缺乏，难以满 足农民的需求。一些卫生院连基本的诊疗设备，都不能满足农民基本诊疗需求； 二是乡镇卫生院人员素质不高已成为制约农村卫生发展的瓶颈。 乡镇卫生院中大 部分为中专学历， 高素质卫生技术人才匮乏，而且许多卫生院由于编制和人事关 系的制约，一些大中专毕业生工作后无法入编，不愿留在卫生院工作；三是乡镇 卫生院基本的工作经费得不到保障，人员工资待遇不高，职工生活条件差，许多 卫生院的技术人才都不愿留下， 基层卫生院人才流失现象比较严重。定点医疗机 构的部分药品价格明显高于市场药店，定点医院虽然没有违规购药的现象， 但相 当一部分药品的价格高于药店的价格，这在一定程度上影响了农民的参合积极性。
贵州基层医疗卫生机构改革后，普遍存在功能萎缩、医疗服务量下降、业务收入下降等情况，加之基本药物品种不足、配送机制不健全影响了基层服务水平，造成新农合基金对乡级定点医疗机构拨付量较上一年度减少的现象。从而导致很多卫生室出现了贩卖多类不再目录内的药品来赚取费用。由于很多药店购进药品不需要发票，所以其价格比卫生院要便宜。本来在新农合投入使用之后，由于能够报销，医院的病人增加了，效益也变好了，但由于基本药物制度实行之后暴露出药品不全的问题，很多患者只能被迫再回到药店买药。
基本药物中他们常用的药品在300种左右，但相当一部分老百姓喜欢用的药品，如治疗发热和疼痛的常用药却未能进入基本药物目录。
（五） 流动人口的受益问题