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外出务工人员一旦患了病，回原籍住院治疗极不方便，甚至会贻误病情，危及生命，迫切需要就近治疗。随着越来越多的农村人口流入城市，大量农民工长期处于医疗保险的真空地带——由于没有城镇户口，他们没有资格参加城市医疗保险；而新型农村合作医疗很可能会要求他们返回原住地去看病。如果他们在务工城市看病，那么他们就得承担合作医疗只报销部分医疗费用的风险。目前，我们国家的新型农村合作医疗制度，仍然不能进行跨省报销。特别是对于目前存在的2亿多农民工而言，很大一部分人参加了新农合，但是因为农民工流动性比较强，很多人虽然在户籍地参加了新农合，但工作地点却不在当地，在城里看完病无法报销。现行的新农合医疗制度在省外报销和结算方法上，给这些流动人员带来诸多不便。在省外报销起付线标准高，而且补偿比例比较小，比较遗憾。
（优尔）各级医疗机构费用增长过快
新农合基金每年都在以20%以上的高速增长，近两年的增速更是达到30%以上。理论上，当人均医保费用大幅增加后，应该使病人的治病费用得到更高比例的补偿，从而使农民得到更多的实惠，直到彻底解决看不起病的问题。但是医疗费用的过度膨胀吞噬了新农合基金快速增长带给农民的好处，并且给通过新农合彻底解决农民看不起病的希望蒙上了阴影。
在报销比例基本不变的情况下，由于医疗费用的增加，农民的看病负担实际上没有减轻反而增加了
普遍存在不合理用药、不合理检查情况。据统计，各级医疗机构的医药费用逐年上升，去年贵州省乡镇卫生院住院费用较上年增长27%，就贵州省麻江县而言，截止去年十月底，乡镇医疗机构的住院次均费用比前年增长4.66%，民营医疗机构下降26.73%，县级医疗机构增长16.41%，州级医疗机构增长26.52%。部分县级以上医疗机构和民营医疗机构存在过度医疗、重复检查、分解收费等行为，增加了农民看病负担。医疗机构有提高医疗费用的激励。目前的医疗机构除了私人诊所以及少数专科医院，大部分都标榜为非营利医疗机构，但真正不以营利为目的的医疗机构几乎没有。所以为了赚钱，医院鼓励医生多开药，开贵药，多检查。由于病人基本不懂医疗知识，所以只能被动接受。
医生针对医保病人过度医疗。医生为了多赚钱，往往根据病人是否参加医保进行检查和开药。如果是参保病人则多检查多开药开贵药。对参保病人来说，对于过度医疗并不十分反感，况且病人对自身健康非常在意，通常不计较医疗费用。药品费用普遍上涨。国家和各省都有新农合基本药物目录，目录中的药物基本上都是廉价有效的药品。但是医院为了赚钱，往往多开一些目录中没有的药品。而且有些廉价药由于利润太薄药厂的产量无法满足市场。
医患矛盾日益激烈。医院为了减少自身责任，倾向于可能的病理检查都做。一旦漏了某项检查导致医疗事故，医院的责任非常大，而多做些无结果的检查对医院没什么坏处反而能多挣检查费。
医疗服务的趋高性。部分参合病人为了得到更好的医疗服务宁可到县外的好医院进行治疗，而新农合对县外医院看病费用的报销比例很低，通常在50%以下，甚至不补偿。
门诊纳入新农合统筹。在2010年之前，门诊的补偿不在新农合统筹基金中支出。但从2010年起，门诊开始纳入新农合统筹基金进行补偿。从好的方面说这减轻了参合农民的日常看病负担；但这部分支出增加了统筹基金的使用压力，对大病统筹防止农民因病致贫的初始目标肯定会有影响。