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(1)虽然网上超市没有实体店租金水费电费的烦恼，但是在销售未上规模的时候，网上超市的人工成本却要比实体店来的高得多。传统超市可能只需要配备几十名廉价劳动公人即可，但是网上超市却必须配备专门的网站设计员，销售员，快递，客服人员，策划推广人员等等。可想而知，人力成本的输出自然就会比实体店来的高。
(2)为了与传统超市甚至同类型的网上超市相竞争，产品的价格必然不会比对方来的高，而且网上超市销售的大多都是日常用品，这些商品的毛利率本来就很低，此外，有些食品对于仓储环境的要求较高，就会增加仓储成本。
(3)由于网上超市的特殊性，他们都会面临配送成本较高这个难题。网上超市的物流体系还未完善，难以满足消费者的及时性要求。而为了分担物流成本，许多网上超市都会选择满额起送这个方法，以一号店为例，满100元重量不超1千克才会免费送货到家。这一举措在很大程度上就会打消顾客对网上购物的热情。
(4)蔬菜水果鱼虾肉类不适合在网上购买，由于这些产品的实物顾客看不到，摸不到，所以不放心在网上购买，一般宁愿选择多走几里路到大型超市购买，这样也能图个安心。而且由于路程配送问题，这类产品容易变质及碰坏。但是这类产品又恰恰是人们日常购买最频繁的。而对于一些价钱较高的电子用品家电用品，很多人仍然会选择在传统超市购买。我想这可能要追溯到我国电子商务B2C网站信用体系的缺失这一根本。比如有些网超的售后服务一塌糊涂，当你买到次品，、或商品已经破损要求退货换货的时候，始终没人接听或者忙线。如何规范这个问题，已经成为我国网上购物发展的主要问题。造成我国B2C网站信用体系缺失的原因是：(1)没有健全的经营法规来对网上交易的行为进行制约，使有些不法经营者有漏洞可钻。(2)部分经营者的唯利是图的心态。(3)部分企业网上交易的条件不够完备。
从实际经营来看 ，网上超市经营起来的确比较困难 ，2000年网络泡沫的时候许多做网超的公司纷纷倒闭，随后这几年也有不少做网超失败的例子 ，都是营业一段时间后倒闭，然后新的网超又开始营业 ，周而复始 ，迄今为止还没有出现一个能够证明网超能够盈利的好项目。而现在有些知名度的网上超市 ，都是集中在经济比较发达的城市 ，比如上海的1号店，还有传统零售商上海联华 、家乐福等在网上开设的虚拟卖场等虽然存在各种各样的困难 ，但是网上超市也不是毫无发展前景的。我们知道网上超市的发展基本建立在顾客的数量上 ，而现在喜欢并习惯网购的人越来越多 ，上网购物早已成为许多消费者的第一选择，尤其是受到年轻一代消费群体的喜爱与青睐。据中国电子商务研究中心监测数据显示，截止2012年12月，中国网购用户规模达2.47亿人，同比增长21.7%。预计2013年底中国网络购物用户会达到3.1亿人。而截止到2012年12月中国网络零售市场交易已达13205 亿元，同比增长64.7%，预计2013 年有望达到18155亿。网上购物的受欢迎程度和发展趋势可见一斑。
2008年7月11号1号店正式上线，成为了中国电子商务行业网上超市的开拓者。1号店是由原戴尔全球副总裁于刚和戴尔中国区总裁刘峻岭共同创办的国内首家网上超市。他们凭借敏锐的商业嗅觉和详细的调研发现，中国目前还没有一家可以称得上是成功的综合性 B2C 企业，即使当当和卓越都先后做起了网上超市，但是除图书以外，其他产品收入占其总净收入的 20%，并没有真正实现网上超市的构想，就这样国内首家网上超市成立了。
一开始许多人都没有看好1号店，因为大大小小的垂直商店已经多如牛毛，而1号店作为综合类网上零售很难在当时立足。但据资料显示，2012年2月，1号店已经拥有超过1800万注册用户，员工超过5400名，营业额也从2008年的417万元上升27.4亿。1号店CEO于刚日前披露，其2012年销售额较去年增长250%，无线业务增长26倍。那么依此计算，其2012年销售额大概是68亿元左右。与此同时，1号店也公布了其他运营数据：2012年的无线业务增长26%，非上海市场增长100%，注册用户增长223%，运营成本下降37%，值得注意的是，当当网2012年的营收是51.9亿，这也意着，1号店2012年的销售额超过了当当网。 如今，1号店已成为国内领先的B2C平台。那些当初持怀疑态度的人可能根本想不到4年后的今天1号店已成为网上超市的佼佼者。