一开始，商船不论出洋还是回洋，都入镇海口，而蛟门水急礁多,绕道危险，外国船到了这里往往就回去了，所以，官员们纷纷请求设海关机构于定海。但一直未皇帝获批准。直到康熙三十七年(1698),浙海关的监督员张圣诏再次提议，主张将海关搬迁至定海,而其主张最终也得到了皇帝许可。具体内容如下：“部议移关定海府，城市廛必致弃毁，定邑又须建造，仍令驻扎宁波，差役前往收税。三十五年，监督李雯复题，请移关镇海县，照闽省设关厦门，粤省设关岙门，之例设红毛馆一座，外国商船必闻风而至，部议移关殊毁成功设馆恐糜正帑俱未准行。三十七年，监督张圣诏题，定海岙门寛广，水势平缓，可容纳外国的大船通过，可通各省进行贸易，海关要区，也就是达到这样的标准了，自愿想办法捐钱建造一所衙署，用来巡视往来的船只，也方便往来的商船通行。另外，还应设红毛馆，安署红毛夹板大船，人众可增税一万余两，府城廛市，仍听客商贸易，不致毁坏。部议覆允，奉㫖依议，钦遵。到了康熙三十九年，六月到有二只红毛船，一名船主为未氏罗夫，另一名为未里氏乂；八月到有一只卢咖唎船；九月到有一只飞立氏船，这一时期可谓船只来往繁盛。” 

慢慢地，许多海商集团在明末清初开始涌现，举例说，先后有著名的许氏海商集团兴起又没落，还有王直海商集团、徐海海商集团、萧显海商集团等等，这些著名海商集团在一定程度上推动着海上私人贸易的发展。