3730型DNA测序仪测序过程中,模板的纯度和浓度、引物和测序循环反应条件都会对测序结果产生重要影响[2~4]。有研究表明,测序成功的关键是测序模板的纯度,大多数测序失败都是由于模板纯度不够所致[5]。应该使用质量可靠的试剂盒,即可保证模板质量。在设计测序引物时,除了要遵守一般的引物设计原则外,要特别注意引物的长度不能过长,这样不仅可以控制引物的Tm值,还可以降低引物的合成成本。测序反应条件的优化可以使测序反应适用于不同的模板,获得稳定的测序结果。乙醇沉淀法方便、快速、经济,是首选的纯化方法[5]。虽然目前对测序质量影响因素的研究有很多,然而对样品板和测序胶保存时间影响测序结果的研究还鲜有报道。
本研究在熟悉3730测序仪工作原理与特点的基础上,分析了该仪器测序过程中样品和测序胶保存时间对测序质量的影响,为进一步提高DNA测序的成功率及准确性提供实践参考。
2 材料与方法
2。1 主要仪器设备文献综述
(1)3730Xl DNA测序仪(Applied Biosystems)
(2)离心机(cence湘仪L550)
(3)PCR仪(PTC-100)
(4)移液器(Labnet®)
(5)96孔样品板(Applied Biosystems)
(6)96孔橡胶垫(Applied Biosystems)
(7)96孔样品板基座(Applied Biosystems)
(8)96孔上盖(Applied Biosystems)
(9)ATF分析软件(Conexio GENOMICS,Wesrern Australia)
(10)Graphpad6。0医学绘图软件
(11)超纯水仪
2。2 主要试剂
(1)10× Buffer(Applied Biosystems)
(2)超纯水
(3)POP-7 Polymer (Applied Biosystems)
(4)Hi-Di Formamide(Applied Biosystems)