1990-1995年期间我国法医DNA技术发展处于初始阶段，面临着许多有待相关科研人员研究的技术问题。尤其是伴随着DNA指纹技术的不断应用，技术人员发现现有的硬件设备和实验条件已经无法满足鉴定工作的需要。为解决这些问题，国家公安部物证鉴定中心和辽宁省刑事科学技术研究所的科研人员瞄准国际前沿的尖端技术，开展了一系列研究，其中申请的“DNA技术研究”被列为“八五”国家重点科技攻关专题，获得国家批准立项。经过“八五”期间几年的刻苦攻关，先后获得了六项先进的成果。包括：（1）DNA扩增片段长度多态性[10]在法医鉴定中的应用研究。于1990年建立了七个位点DNA扩增片段长度多态性检验方法，解决了指纹技术中存在的部分问题，1991年通过实际鉴定并成功应用于案件，发挥了相当的作用。（2）辣根过氧化物酶标记DNA探针光增强法检测DNA指纹图研究[11]，1991年建立了非同位素检测DNA指纹图[12]方法，率先应用于法医物证检验，是国内外首创。得到的DNA指纹图谱更加清晰、辨识率更高容易判读，与同位素标记相比具有实验设备投入成本小、检验费用低、办案周期少、操作简便安全等优点。1991年成功应用到了案件检验中。（3）人类重复序列DNA探针的研制结合法医学应用研究。1993年研制出具有我国自主知识产权多位点探针，解决了从前探针只能依赖进口的问题。所建立的检验DNA指纹图方法，个体识别率显著优越于国内外其他的DNA探针。（4）通过复合扩增STR位点[13]的DNA分型研究，于1994年研制建立起3套共九个STR基因座的复合扩增方法，总体个体识别率达0。99999％，完全达到了同一认定水平。这项成果灵敏度高，非常适用于微量及超微量、腐败物证的检验，并且判型准确，方法迅捷简易，水平达到国际先列。在案件检验中广泛应用并发挥重要的作用。（5）人类线粒体DNA多态区序列分析法医应用研究。1995年建立PCR荧光测序技术[14]检测人类mDNA多态区。解决了毛发、指甲等线粒体DNA（无核检材）的扩增、检验等技术难题。（6）数字编码小卫星MS32可变重复序列[15]法医学应用研究。这些研究成果解决了刑事犯罪现场常用的陈旧、腐败、微量生物检材以及不含细胞核生物检材的DNA分析难题，能够满足大多数案件对生物物证检验的需要，在一大批疑难案件的侦破中发挥了关键性的作用，具有非常强的实用性。

“九五”期间，我国的法医DNA检验技术取得了更多新的重要进展,除对一些疑难检材如骨骼、组织等的检验进行研究外。国外商品化DNA检验试剂盒的出现，DNA检验技术也更加规范化和标准化。特别是荧光STR复合扩增技术的应用使得DNA检验技术步入了全新的阶段。在检测方法上，由银染方法（人工直接染色、肉眼观察分析结果）发展到荧光法自动电泳收集、计算机体系分析结果，一次检验分析的STR多态性位点明显增多，最多可达16个位点，极大地提高了个体识别率。

我国从1996年开始进行DNA数据库关键技术的研究。如今稳定建立的DNA数据库有：（1）被诱拐贩卖和失踪儿童DNA数据库[16]，数据库由被拐卖和失踪儿童父母数据信息库和查找到的身份不详儿童数据库组成。利用被拐卖儿童和失踪儿童DNA数据库，在2000年公安机关联合开展的打拐专项斗争中，成功查到被拐卖和失踪儿童418名。打拐和失踪儿童DNA数据库的建设取得了巨大成效。（2）小型刑事犯罪嫌疑人和案件现场采集DNA数据库[17]。此库由犯罪前科库、现场DNA数据库、失踪人员信息库组成。前科库里存有大量有犯罪前科人员的DNA数据和相关信息，现场库里存有积案现场检材的DNA数据和案件简要信息。