荷花高亲和力钾离子转运体（HAK）基因家族的适应性进化研究(3)
荷花每个亚族HAK基因的ω值是用PAML软件计算得到的。“位点特异性”模型中有各中密码子替换模型，能按照系统发生树和序列对位排列结果 来计算每个位点上的ω值[12]。在似然比的比较结果基本符合卡平方分布,其自由度为两个模型值间自由参数之差的绝对值前提下，可以用似然比测验(LRT)来比较嵌套间差异的显著性。极大似然法是一种用来估计参数的重要方法。极大似然法的步骤是首先建立包括含有该参数估计量的似然函数，然后根据实验数据求出似然函数达到极值是的参数估计量或估计值。最大似然法是现阶段准确度最高的一种方法,但是不适用于处理大规模数据，因为它最大的劣势就是计算复杂性高,这同目前不断涌现的大量数据之间越来越不相适应,因此需要引进或创造新的技术来提升最大似然法的计算速度[9]。
在本实验中，位点间选择压力的差别存在与否使用M3(离散模型)对M0(单个ω)模型检验；正选择压力的测试使用M8对M7模型。M7和M8模型估算每个位点的ω值的依据都是离散β的分布情况,并通过参数p和q来对β的分布进行描述,M8比M7的不同多出了一类可用于检验正选择的位点,这些位点的ω＞1。当满足M8对M7的统计检验达到显著水平,并且在M8模型中ω＞1的条件后,再运用贝叶斯方法估计测算受到正选择作用的位点[12]。