拟南芥溶血磷脂酸酰基转移酶（At-LPAT) 基因的生物信息学分析(2)
1 材料和方法
1.1 材料来源
在NCBI的Protein数据库中下载拟南芥LPAT蛋白序列。
1.2 拟南芥 LPAT蛋白生物信息学分析
应用 DNAMAN 软件做进化分析， 构建其进化树； 并对各类氨基酸进行聚类分析。分类后，选取各类氨基酸代表，进行生物信息学分析。
利用 ExPASy 网站的Prot-Param（http://web.expasy.org/protparam/）和ProtScale（http://cn.expasy.org/cgi-bin/protscale.pl）分析蛋白质残基组成、相对分子质量、亲水/疏水性等；用 TMHM（http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/） 应用于跨膜的结构域预测分析，利用 EXPASY 中的 TargetP 软件进行亚细胞定位，利用NetPhos 2.0 软件进行磷酸化作用位点的预测分析。利用 SOPMA软件对 4种拟南芥LPAT蛋白进行二级结构预测分析，并用 Protein-BLAST 同源进行搜索它的保守结构域，明确具有的可能的功能；利用 GlobPlot软件 （http://globplot.embl.de/） 对 4种拟南芥LPAT蛋白序列中的紊乱区、球蛋白区进行预测分析； 利用 Swissmode同源建模法预测蛋白质的三级结构并用视图软件 Rasmol 对结果可视化。 并且对拟南LPAT蛋白基因结构定位分析，利用 EST 和 Unigene 数据库对其进行电子表达分析。